bioinformatics

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    대형 바이오 형식 파일을 비동기 적으로 액세스 할 수있는 데이터베이스 형식의 파일로 변환하는 방법 width

    장점! 저는 캔버스를 생성하기 위해 jgv.js (doc API)이라는 javascritp 프레임 워크를 사용하여 생물학적 데이터를 캔버스 차트로 렌더링하는 시각화 프로젝트를 가지고 있습니다. 코드에서 트랙의 <!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>I
    php d3.js bioinformatics genome 2017-03-09

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    R에 특정 ID가 포함 된 데이터 프레임을 사용하여 fasta 파일을 서브 세트하는 방법은 무엇입니까?

    필자가 작성한 다양한 ID 목록을 기반으로 하위 세트로 만들려는 794 개의 항목이 포함 된 하나의 복잡한 fasta 파일이 있습니다. FASTA 파일은 아래와 같은 형식으로되어 있습니다 : 이전의 답변에 따라 >5_B1_CZ.1:572-889 ID:5_B1 Contig:1 ATGTCCTGGATDCGTTACTTGTGTATTGCCGGTCCTC , 나는
    r bioinformatics 2017-03-09

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    EggLib Python에서 모집단 구조 표시

    파이썬에서 나는 EggLib을 사용하고 있습니다. VCF 파일에서 SNP 당 Jost의 D 값을 계산하려고합니다. 데이터 데이터 VCF 형식 here이다. 데이터 세트는 작고 인구는 2 명, 인구는 100 명, SNP는 6 개 (모두 1 번 염색체에 있음)입니다. 각 개인의 이름은 Pp.Ii입니다. 여기서 은 속한 인구수 색인이고 i은 개별 색인입니다. 코
    python dictionary bioinformatics biopython 2017-03-15

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    Biopython PDB 모듈에서 잔기 번호와 잔기 이름 얻기

    현재 모든 잔여 물 번호를 얻기 위해 pymol의 반복을 사용하고 있습니다. 그런 다음 나머지를 사용하여 잔여 물 이름을 검색합니다. 나는 그것이 그것이하는 최선의 방법이라고 생각하지 않는다. biopython에서 아무 소용이없는 방법을 찾으려고 노력했습니다. 귀하의 의견과 제안에 감사드립니다. 가끔씩 chain [i] .resname까지도 KeyError
    python bioinformatics biopython 2017-03-17

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    은 BLOSUM

    내가 뭔가 자신에 대한 각 시퀀스를 비교한다 library(Biostrings) seq_test <- c("PAWHEAE", "HEAGAWGHEE", "CAWEKDRRTEAFF", "CASSLVFGQGDNIQYF") aligned <- pairwiseAlignment(seq_test, seq_test, substitutionMatrix="BLOSUM
    r bioinformatics bioconductor 2017-03-21

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    exec()가 프로세스 ID를 반환하지 않음

    나는 Canu assembler 프로그램을 실행하기 위해 PHP exec() 함수를 사용하고 있으며 동일한 스크립트 내에서 프로세스 ID를 가져 오려고합니다. exec() PID가 반환되지 않아 프로세스가 성공적으로 실행 중이던 문제가 있습니다. 프로세스는 다음과 같이 시작됩니다 : 또한 $pid = exec($command, $output); var_d
    php exec bioinformatics pid dna-sequence 2017-03-25

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    deseq2에 대한 rangedummarizedexperiment

    차별 유전자 표현을 위해 R에서 DESeq2 패키지를 사용하려하지만 입력 데이터에서 필요한 RangedSummarizedExperiment 객체를 만드는 데 문제가 있습니다. 이 작업을 수행하기 위해 여러 가지 자습서와 비 네트를 찾았지만 모두 내 것과 다른 원시 데이터 세트에 적용되는 것 같습니다. 내 데이터에는 행 이름과 환자 ID 같은 열 이름이 있으
    r bioinformatics bioconductor 2017-03-25

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    출력에서 ​​괄호를 제거하십시오

    저는 이것이 python3의 초보자로서 당신에게 쉬운 질문이라고 생각합니다. fasta 파일의 헤더를 인쇄 할 때 괄호가 들어 있습니다. 어떻게 그들을 제거 할 수 있습니까 ?? import sys from Bio import Entrez from Bio import SeqIO #define email for entrez login db =
    python python-3.x bioinformatics biopython 2017-03-27

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    정규 표현식이있는 벡터를 사용하여 데이터 프레임에서 데이터 열을 제거하는 방법

    숫자 벡터를 사용하여 데이터 프레임에서 열을 제거하려고합니다. 그 수는 전체 열 머리글의 일부일뿐입니다. 내가 사용하고자하는 것은 유닉스에서 와일드 카드 "*"와 같은 것이므로 xxxx, xxkx 등으로 열을 제거하고 싶다고 말할 수 있습니다. 나는 다음과 같은 데이터가 있습니다 data_test_read <- read.table("batch_1_8c9.s
    r bioinformatics 2017-03-31

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    getopt가 제대로 작동하지 않습니다. 내가 뭘 잘못하고 있습니까?

    나는 아래의 코드가 작동하지 않는 이유를 잘 모르겠습니다 - 난 .. 난 그 예를 들어, 그래서 만약 명령 행 입력을 구문 분석하려고 getopt를 사용하려고하기 전에 NameError: name 'group1' is not defined. 코드는 잘 작동 오류를 얻을 나는 넣었다. python -q file1 file2 -r file3 file4
    python bioinformatics 2017-04-02
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