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내가 뭔가 자신에 대한 각 시퀀스를 비교한다 은 BLOSUM
library(Biostrings)
seq_test <- c("PAWHEAE", "HEAGAWGHEE", "CAWEKDRRTEAFF", "CASSLVFGQGDNIQYF")
aligned <- pairwiseAlignment(seq_test, seq_test, substitutionMatrix="BLOSUM62")
score(aligned)
#44 62 76 86
R.
에 BLOSUM62에서 매트릭스를 만들려고하고 pairwisealignment. 각 시퀀스가 반복되고 4x4 매트릭스를 만드는 시퀀스의 전체 목록과 비교할 수 있습니다. 다음 비교44 -7 -23 -52
-7 62 -34 -40
-23 -34 76 -13
-52 -40 -13 86