deseq2에 대한 rangedummarizedexperiment

Question

차별 유전자 표현을 위해 R에서 DESeq2 패키지를 사용하려하지만 입력 데이터에서 필요한 RangedSummarizedExperiment 객체를 만드는 데 문제가 있습니다. 이 작업을 수행하기 위해 여러 가지 자습서와 비 네트를 찾았지만 모두 내 것과 다른 원시 데이터 세트에 적용되는 것 같습니다. 내 데이터에는 행 이름과 환자 ID 같은 열 이름이 있으며 이름은 단순히 정수 데이터입니다. 이 유형의 입력 데이터에서 RangedSummarizedExperiment 객체를 만드는 간단한 방법이 있어야하지만 아직 방법을 찾지 못했습니다. 아무도 도와 줄 수 있니? 감사.

Answer 1

이 데이터 구조를 사용하는 방법을 이해하는 데 비슷한 문제가있었습니다. 결국 DESeqDataSetFromMatrix을 사용하여 그걸하지 않고 관리했습니다. Modify r object with rpy2의 첫 번째 코드 블록에서 예제를 볼 수 있습니다 (이 코드는 순수한 R, rpy2는 뒤를 따릅니다). 이 예에서는 행과 샘플을 열로 사용하므로 동일한 접근 방식을 채택 할 가능성이 큽니다.