DNA의 많은 서열 조각이 들어있는 fasta 파일 모음이 있습니다. 각 파일에서 찾을 수있는 k-mers의 총 발생 수를 계산하려고합니다. k-mers 계산의 좋은 부분은 크기가 4 ** ** k 인 단일 배열을 만들 수 있다는 것입니다. 여기서 k는 사용되는 k-mer의 크기입니다. 처리중인 시퀀스 파일은 새로운 세대 시퀀싱 머신의 짧은 읽기 시퀀스이므
나는 각 샘플에 하나의 라벨 (예 : 64, 136 등)이있는 900 개의 학습 샘플과 100 개의 테스트 샘플을 가지고 있습니다. 여기에 각 샘플은 460000 크기의 1 차원 벡터로 표현됩니다. 이 데이터를 사용하여 CAFFE를 사용하여 선형 회귀를 수행하려면 어떻게해야합니까? 나는 해결책이 절실히 필요하다. 미리 감사드립니다.
"GATCCAGATCCCCATAC"의 가장 빈번한 2-mer를 찾는 코드를 작성하려면 어떻게해야합니까? 이 코드를 작성했지만 잘못된 것 같습니다. 수정 해주십시오. def PatternCount(Pattern, Text):
count = 0
for i in range(len(Text)-len(Pattern)+1):
if Text
시퀀스 그룹에서 편집 거리의 백분율을 얻으려고합니다. 지금까지 내가 무엇을 가지고 : len의 각 라인은 sequence의 각 라인에 해당 library(stringdist)
sequence <- c("CA--------W----------------------EKDRRTEAF---F------",
"CA--------W-------------
EnsembID와 세 개의 샘플 (RNA-seq -> kallisto -> sleuth)을 사용하여 차별적으로 표현 된 상위 100 개의 성적서에 대한 히트 맵을 만들었습니다. library(gplots) # heatmap.2
library(dplyr) # unite
heatmap.2(log(tmp_df+1), trace="none", density.
게시 된 기사를 저장하고 읽는 데 문제가 있습니다. 이 페이지 here에는 특별한 파일 유형이 있지만 그 중 아무 것도 나를 위해 일하지 않은 것을 보았습니다. 데이터를 얻기 위해 키를 계속 사용할 수있는 방식으로 저장하고 싶습니다. 텍스트 파일로 저장하면 가능한지 모르겠습니다. 나는이 오류를 받고 있어요 import sys
from Bio import
Entrez를 사용하여 게시 데이터를 데이터베이스로 가져 오려고합니다. 검색 부분은 잘 작동하지만 내가 구문 분석하려고하면 from Bio import Entrez
def create_publication(pmid):
handle = Entrez.efetch("pubmed", id=pmid, retmode="xml")
records
현재 직장에서 일부 코드를 업데이트하려고합니다. 이전에 NCBI의 FTP 웹 사이트 (ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/)에서 사용자 경로 선택 항목을 기록하는 Python의 최신 버전이 포함 된 스크립트를 만들었습니다. 로그는 내 파일 시스템을 업데이트 된 파일로 업데이트하는 데 사용되었습니다 (NCBI는 매주 파일을 업데이트합니다). 나는
유전자에 대한 긴 데이터 프레임과 다양한 형태의 ID가 있습니다 (예 : OMIM, Ensembl, Genatlas). 각 유전자와 관련된 모든 SNP 목록을 얻고 싶습니다. (이것은 this question의 반대입니다.) 지금까지 가장 좋은 해결책은 biomaRt package (bioconductor)입니다. here을 수행 할 필요가있는 조회의 예가
SPIA 분석을 수행하기 위해 .xls 파일의 데이터를 분석하는 방법을 누군가에게 말해 줄 수 있습니까? 어떻게 데이터를로드해야합니까? 당신이 읽을 필요가 당신의 시트의 어떤 말 require(xlsx)
read.xlsx("myfile.xlsx", sheetName = "Sheet1")
당신이 :