MATLAB에서 hrf 시계열 모델링

Question

실험 설계의 효율성을 확인할 수 있도록 fMRI 데이터를 모델링하려고합니다. 나는 튜토리얼 두 개를 따라 왔고 질문이있다. 먼저 표준 입력 혈압 역학 함수 (HRF)를 사용하여 자극 입력 시계열을 컨벌루션하여 뼈대 반응을 모델링해야합니다.

hrf = [ 0 0 1 5 8 9.2 9 7 4 2 0 -1 -1 -0.8 -0.7 -0.5 -0.3 -0.1 0 ] 

그리고 다음 HRF를 간직해 연산 : 나는 검사 첫 번째 튜토리얼은 하나가 MATLAB에 다음 HRF를 만들 수 있도록 올바른지 HRF의 '모양'만큼 어떤 진폭 인 HRF을 할 수 있다고 말했다 너무 '전환'을 사용하여 자극과 :

hrf_convolved_with_stim_time_series = conv(input,hrf); 

이 매우 정직하지만 난 수는 그래서 더 고급 튜토리얼을 확인하고 다음을했던 나의 모델은 결국 정확한되고 싶어요. 처음에는 20 개의 시간 점 벡터를 작성한 다음 'gampdf'함수를 사용하여 HRF를 작성했습니다.

t = 1:1:20; % MEASUREMENTS 
h = gampdf(t,6) + -.5*gampdf(t,10); % HRF MODEL 
h = h/max(h); % SCALE HRF TO HAVE MAX AMPLITUDE OF 1 

간단한 방법보다이 방법을 사용하면 이점이 있습니까? 세 가지 질문이 있다고 생각합니다.

1. 'gampdf'도움말 페이지는 매우 짧으며 각 함수 호출에서 '6'과 '10'은 '모양'매개 변수 인 'A'를 나타냅니다. 이것은 무엇을 의미 하는가? 다른 정보는 제공하지 않습니다. 왜 첫 번째 호출에서 6이고 두 번째 호출에서 10입니까?

2. 이 질문은 위의 질문과 직접적인 관련이 있습니다. 이 코드는 TR = 1이고 자극이 매우 짧은 상황 (예 : 1s)에 대해 작성되었습니다. 내 상황에서는 TR = 2이고 자극은 꽤 길다 (12 초). 나는 다음을 수행하여 내 상황에 대한 작업 HRF를 만들기 위해 위의 코드를 적용하려고 :

   t = 1:2:40; % 2s timestep with the 40 to try to equate total time to above 
   h = gampdf(t,6) + -.5*gampdf(t,10); % HRF MODEL 
   h = h/max(h); % SCALE HRF TO HAVE MAX AMPLITUDE OF 1 
   

나는 'gampdf'매개 변수가 무엇을 의미하는지 전혀 모르는 (또는 라인에, 무엇 때문에 모든 현실) 나는 이것이 내가 무엇을 찾고 있는지를 확신하지 못한다. 나는 근본적으로 1-14에 몇개의 숫자 값이 있지만 15-20 모두가 0 인 20 개의 값을 얻는다. 전체 12s 자극 기간 (처음 6 개의 TR 값이 1-6) 동안 응답이있을 것이라고 가정하고있다. 나머지 조정 일 수도있는 적절한 수정이지만 확실하지 않습니다.

최종 질문. 다른 코드는 HRF가 1의 진폭을 갖도록 '스케일링'하지 않습니다. 궁극적으로 중요합니까?

Answer 1

당신이 선택한 표준 HRF는 두뇌에서 굵은 신호의 출처에 따라 다릅니다. HRF 만 선택하는 것은 부적절합니다. 모델의 가장 좋은 원천은 점등 검토에서 나옵니다. merits of multiple HRF models에 대해 논의한 논문을 링크했습니다. 방법 섹션은 몇 가지 중요한 점을 제기합니다.