fasta

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    Perl을 사용하여 fasta 파일의 뉴클레오타이드 주파수를 계산하십시오.

    다음 코드를 개선하는 데 도움이됩니다. 시퀀스를 한 줄로 인쇄 할 수 없습니다. 4 개의 문자 중 하나의 뉴클레오티드 주파수로 각각 4 줄로 출력을 출력하고 싶습니다. 미리 감사드립니다. enter code here #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my $A; my $T; my $G; my $C; m
    perl fasta 2014-01-13

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    비 시퀀스 관련 주석을 fasta 파일에 삽입 할 수 있습니까?

    누군가가 fasta 파일에 주석을 추가하는 방법을 알고 있는지 궁금합니다. # 문자를 사용해 보았지만 정렬 알고리즘/소프트웨어와 잘 어울리지 않습니다. 감사합니다.
    alignment sequence bioinformatics fasta 2014-04-29

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    로컬 BLAST 데이터베이스를 작성한 후 FASTA 파일을 입력해야합니까?

    매우 큰 fasta 파일을 다운로드했으며 로컬 BLAST 데이터베이스를 구축했습니다. 나는 스토리지 공간을 유지하려고 노력 중이며 로컬 BLAST 데이터베이스가 구축 된 후에 입력 fasta 파일을 삭제할 수 있는지 궁금해하고 있습니까?
    fasta blast 2014-06-19

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    공백을 제외하고 공백을 제거하십시오.

    고유 한 문제점이 있습니다. 모든 줄을 하나의 문자열에 넣을 필요가있는 파일을 구문 분석 할 필요가 있습니다. 일반적으로 str.strip()을 사용하여 접근하지만, 중요한 것은 각 줄의 시작과 끝에 공백이 있다는 것을 깨달았습니다. 값. 공백을 제외한 모든 공백을 제거하는 쉬운 방법이 있습니까? 그렇지 않은 경우, 대체 방법은 나타나는 모든 공백 유형에
    python whitespace fasta 2014-03-13

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    여러 개의 FASTA 파일을 원래 이름을 유지하는 별도의 파일로 분할

    이 포럼 초기에 게시 된 AWK 스크립트로 작업하려고합니다. 여러 개의 DNA 염기 서열을 포함하는 큰 FASTA 파일을 별도의 FASTA 파일로 분할하려고합니다. 각 시퀀스를 자체 FASTA 파일로 분리해야하며 새 FASTA 파일 각각의 이름은 원래의 큰 다중 파일 (> 뒤에 나오는 모든 문자)의 DNA 시퀀스 이름이어야합니다. awk '/^>chr/ {
    awk split sequence fasta 2014-01-31

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    파이썬에서 fasta 파일을 읽는 방법?

    나는 fasta 파일을 읽은 다음 특정 모티프 (문자열)를 찾고 시퀀스가 ​​발생하는 횟수를 출력하려고합니다. fasta 파일은 헤더 행으로 시작하는 일련의 시퀀스 (문자열)이며 헤더의 서명이나 새 시퀀스의 시작은 ">"입니다. 새 줄에는 머리글 바로 뒤에 문자 시퀀스가 ​​있습니다. 코드로 끝나지 않았지만 지금까지이 오류가 발생했습니다. Attribute
    python fasta 2013-12-14

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    dna 시퀀스 파일의 특정 위치에있는 뉴클레오티드를 바꿉니다

    저는 fasta 파일이 있고 다른 파일에 위치가 포함되어 있습니다. 각 시퀀스의 특정 위치를 기본 설정 (예 : 위치 파일)으로 바꾸려고합니다. a/c 120처럼 보입니다. 교체 표가/c와 비슷해 보이므로 w로 대체 된 120 개의 위치로 새로운 fasta 파일을 가져오고 싶습니다. [: 3 0], 내가 시퀀스 이름을 가지고 프로그램 그래서 첫 번째 문제는
    python fasta 2014-05-14

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    왜 fastx_trimmer는 내 fastq 파일이 알 수없는 파일 형식이라고 생각합니까?

    Illumina NextSeq에서 실행 한 일부 .fastq 파일이 있습니다. 많은 서열은 poly-A 영역을 가지고있어이를 매핑하는 것을 복잡하게 만든다. 나는 10 연속 A의 모든 시퀀스를 제거하려면 다음과 같이 fastx_clipper 사용하여 그렇게하도록 노력 해왔다 : ha1c6n8$ fastx_clipper -l 32 -Q33 -n -v -a A
    bioinformatics fasta sequencing fastq 2014-08-29

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    분할 나는라는 목록이 사용자 정의 인덱스

    에서 파이썬 목록 항목 : FirstSequenceToSplit 을하고 DNA 서열이 하나 개의 항목을 포함하고 말 : 'ATTTTACGTA' 이 항목의 길이를 쉽게 반환 할 수 있으므로 사용자는 길이가 10 자임을 알고 있으므로 사용자가 원하는 인덱스의 문자 [0 : 6]을 추출하려고합니다. , 그런 다음 새 목록에 두 개의 항목을 생성합니다. 첫 번째
    python list splice fasta dna-sequence 2014-04-10

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    시퀀스 파일 fasta에 대해 리눅스에서 공백을 바꾼다

    나는 출력 파일을 가지고 있는데, 전체 시퀀스를 추출 할 수있는 파일로 변환하고 싶다. 출력은 다음과 같이이다 : > ">comp2_c0_seq1 len=265 path=[1:0-264] GTTTGAATGGTTTGTGGTTCTGCCTTTGACAAACTGATCATAGTGGAATAATAAGGGAACATGAAGAAATTCCAAGCCCATTGATTTTCTCTTGA
    unix grep fasta 2014-02-24
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