지금 당장 나타나는이 프로그램은 .fasta 파일 (유전자 코드가 포함 된 파일)을 가져 와서 데이터로 해시 테이블을 만들고 인쇄하지만, 그것은 아주 느립니다. 문자열을 분할하여 파일의 다른 모든 문자와 비교합니다. use strict;
use warnings;
use Data::Dumper;
my $total = $#ARGV + 1;
my $ro
awk/sed/perl 전문가 모두에게 질문이 있습니다. 나는 다음과 같은 형식의 예를 가진 파일을 발견 : >GALHOMG00000016026_1 GALHOMT00000016026_1 GALHOMP00000016026_1 JH556633.1:35740-45316 1
MPKKKTGARKKAENRREREKQIRASRANIDLAKHPCNASMECDKCQRRQ
종종 fasta 파일에서 특정 시퀀스를 찾아서 인쇄해야합니다. 알지 못하는 사람들을 위해, fasta는 생물학적 서열 (DNA, 단백질 등)을위한 텍스트 파일 형식입니다. 그것은 매우 간단합니다. 시퀀스 이름 앞에 '>'가오고 다음의 '>'까지 이어지는 모든 라인이 시퀀스 자체입니다. 예를 들면 : >sequence1
ACTGACTGACTGACTG
>s
안녕하세요 저는 PERL을 사용하여 "MAD"또는 "MAD"로 시작하는 단백질 서열의 헤더 (전체> gi 줄) 만 인쇄하려고했습니다. FASTA 파일에서 "MAN"(처음 3 자). 그러나 나는 어떤 부분이 잘못되었는지 알 수 없었다. 미리 감사드립니다. #!usr/bin/perl
use strict;
my $in_file = $ARGV[0];
ope
나는 수업을 분석해야하는 큰 FASTA 파일이 있습니다. 여기 질문에 도움이 발견되었습니다. How to search and isolate attributes of FASTA formatted text in R. 그러나 데이터를 조작하는 데 여전히 문제가 있습니다. 함수 getAnnots()를 사용 는, I는 다음과 같은 형식 "annots"목록 얻을 :
여기에서 R을 사용하여 생물 정보학 : DNAstringsSets 목록 (아래 참조)에 writeXstringset() 함수는 인수로 DNAstringset 객체를 인수로 사용하여 FASTA 파일로 저장합니다. 누구나 DNAstringsets 목록을 단일 DNAStringset 객체로 축소하여 인수로 사용할 수 있다는 것을 알고 있습니까? $NM_00886
내 목록은 다음과 같습니다 목록에서 특정 항목을 가입 : ['', 'CCCTTTCGCGACTAGCTAATCTGGCATTGTCAATACAGCGACGTTTCCGTTACCCGGGTGCTGACTTCATACTT
CGAAGA', 'ACCGGGCCGCGGCTACTGGACCCATATCATGAACCGCAGGTG', '', '', 'AGATAAGCGTATCACG
ACCT
fasta 파일 벨로우즈에서 숫자 "4677450"을 추출하여 변수에 넣으 려합니다. 내 코드는 작동하지만 아주보기 흉하게 보입니다. 나는 이것을하는 더 효율적인 방법을 배우고 싶다. 누군가가 어떻게 가르쳐 줄 수 있니?
>gi|47118301|dbj|BA000007.2| (4677450 - 4678851)
AAACATCTCCCTGAACCGTTCCGC