picard

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Picard SamToFastq는 읽기 하나만 추출한 다음 오류가 발생합니다.

bam 파일에서 일부 FastQ 파일을 추출하려고합니다. Picard는 SamToFastq로이 작업을 수행 할 수 있습니다.이 도구의 설명서에는 bam 또는 sam 파일 중 하나가 허용됩니다. 하지만 실행하면 읽기 하나만 추출한 다음 종료됩니다. 다음은 오류 메시지입니다. 어떤 도움을 주셔서 감사합니다. 그것이 나오는 것에 따라 [[email protect

bioinformatics dna-sequence fastq picard 2012-06-20

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인식 할 수없는 옵션 : I picard.jar

picard.jar를 사용하여 BMA 파일을 FASTQ 형식으로 변환하려고합니다. ERROR: Unrecognized option: I 나는 완전히 혼란 스러워요, 어떤 생각 : java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq \ I=chr2chr3.bam \ FASTQ=chr2chr3.f1.fastq \ SECON

bioinformatics fastq picard 2016-07-21

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Picard SortSam 속도 향상?

피카드의 SortSam 속도를 높이는 방법을 궁금합니다. 그것을 실행하는 데 오랜 시간이 걸리며 GATK는 멀티 스레드가 될 수 있지만 Picard에는 아직 예제가 없습니다. 다른 사람들이이 문제를 어떻게 해결할 수 있는지 궁금합니다.

sorting bioinformatics picard 2017-10-27

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linux는 picard에 여러 파일을 병합합니다.

저는 10 개의 디렉토리가 있으며 각 디렉토리에는 약 10-12 개의 bam 파일이 있습니다. 나는 그들을 함께 병합하기 위해 picard 패키지를 사용해야하며 더 잘 할 수있는 방법을 찾고 싶습니다. 그들은 순차적에없는 경우 basic command: java -jar picard.jar MergeSamFiles \ I=input_1.bam \

python linux variables for-loop picard 2017-12-22

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