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피카드의 SortSam 속도를 높이는 방법을 궁금합니다. 그것을 실행하는 데 오랜 시간이 걸리며 GATK는 멀티 스레드가 될 수 있지만 Picard에는 아직 예제가 없습니다.Picard SortSam 속도 향상?
다른 사람들이이 문제를 어떻게 해결할 수 있는지 궁금합니다.
A
답변
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불행히도, 임의의 BAM 파일을 정렬하는 것은 문제의 특성으로 인해 속도를 높일 수 없습니다. 이것이 도구가 멀티 스레딩을 제공하지 않는 이유입니다.
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Picard 대신 samtools sort를 사용하는 것이 좋습니다. samtools sort를 사용하여 여러 개의 CPU 스레드를 사용할 수 있습니다. – Steve