Gene Ontology term 대 Gene Ontology 용어 유형

Question

Gene Ontology 용어의 수준과 유형에 대한 올바른 정의를 찾는 데 문제가 있습니다.

GO 용어의 유형이 partOf 관계를 고려하지 않고 isA 그래프와 관련되어 있음을 알고 있습니다. (345) 및 용어 GO에 : GO를 가리키는 123 (가정 그것의 루트) :

내가 GO가있는 경우 : 567 수준을 찾을 때

:하지만 난 여전히 나는 다음과 같은 경우를 겪고 때 혼란 스러워요 두 링크 모두에 isA 관계가 있습니다. 또한 GO : 345는 partOf 관계로 GO : 567이라는 용어를 가리 킵니다.

이제 GO : 567 수준은 무엇입니까? 뿌리가 그것을 가리키고 있기 때문에 2입니까? 또는 루트 3의 아들이 그것을 가리키고 있기 때문에 3입니까? 그래프의 수준과 유형 모두에서 이러한 경우를 어떻게 처리해야합니까?

Answer 1

Biostar에게이 질문을하는 데 도움이되는 더 유용한 답변을 얻을 수 있습니다. 또는 GO website 및 GO mailing lists 일 수 있습니다.

발생시키는 문제는 GO의 의미에서 직접 발생합니다. 노드가 깊이 또는 수준의 단일 정의를 갖지 않도록 지정된 비순환 그래프 (DAG)입니다. 하나의 일관된 정의를 원한다면 min (depth) 또는 max (depth)를 사용할 수 있지만 설명하지 않은 응용 프로그램에는 적합하지 않을 수 있습니다. 마찬가지로 그래프의 가장자리에는 서로 다른 생물학적 관계를 설명하는 속성이 있습니다 ("a", "part of"및 "regulates").

이러한 속성을 가장 잘 처리하는 방법은 수행 할 작업이나 수행 할 쿼리에 따라 다릅니다. 유전자에 대한 GO 용어의 주석 밀도는 유기체와 용어에 따라 크게 다르기 때문에 그래프의 '깊이'보다는 특정 상황에서 특수 효과의 정보 성을 측정하는 지표를 고려하는 것이 좋습니다.