파이썬에서 Web Gene Prediction Server로 시퀀스를 보내려면?

Question

저는 현재 'ab initio gene prediction'프로그램에 관한 프로젝트를 진행 중입니다. 'FGENESH'및 'GenScan'과 같은 흥미있는 웹 유전자 예측 서버를 발견했습니다. 다음은 URL이 : http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfind

내가 당신에게 물어보고 싶은 것은 내가 웹 브라우저를 사용하지 않는, 파이썬 스크립트를 통해 내 컴퓨터에 DNA 시퀀스 파일을 보낼 수있는 방법이다. 또한 결과를 파싱하는 방법을 알고 싶습니다.

감사합니다.

Answer 1

문제의 원시 방법은 mechanize (종류는 브라우저를 시뮬레이트)을 사용하는 것입니다. 그런 다음 XML/HTML 결과를 파싱하려면 BeautifulSoup을 사용하고 XML 및 구조를 텍스트 및 특성에 액세스 할 수있는 합성 객체 지향 형식으로 가져올 수 있습니다. 웹에서 두 라이브러리의 사용에 대한 수십 가지 예제가 있습니다.

그러나 이러한 웹 서비스는 일반적으로 urllib으로 가장 쉽게 액세스 할 수있는 요청 처리를 위해 프로그래머가 쉽게 사용할 수있는 API를 제공합니다. 나는 많은 예제 스크립트가 이미 PDB (quick googling이 this one을 가져 왔음)를 사용하여 작업하고 있다고 생각합니다. 따라서 이것이 좋은 출발점이 될 수 있습니다.