BioPerl의 Bio :: DB :: Fasta에 해당하는 Biopython의 기능은 무엇입니까?

Question

저는 BioPython을 사용하여 Perl 코드를 Python 코드로 변환하고 있습니다.

내가 좋아하는 뭔가를 가지고 :

my $db = Bio::DB::Fasta->new($path,$options) 

을 나는 바이오 파이썬에서 유사한 기능을 찾고 있어요. 이게 뭐니? FASTA :

Answer 1

당신은 색인에 대해 http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqIO-module.html

에서 FASTA 파일에 대한 IO를 찾을 수 있습니다, 나는 바이오 파이썬은 바이오 :: DB와 같은 '.fai'파일을 처리하지 않습니다 생각합니다. SeqIO.index() 메소드를 사용하여 사전 (예 : perl 해시)을 가질 수 있습니다. 이것은 문서에 나타낸 바와 같이 짧은 예이다

from Bio import SeqIO 
record_dict = SeqIO.index("fasta_file.fas", "fasta") 

print(record_dict["ID of the fasta sequence"]) 

SeqIO.index 각 시퀀스에 랜덤 액세스 할 수 있도록 메모리에 딕셔너리를 생성한다. 해당 도트의 제한 사항을 보려면 문서를 읽으십시오. http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.File._IndexedSeqFileDict-class.html