저는 BioPython을 사용하여 Perl 코드를 Python 코드로 변환하고 있습니다. 내가 좋아하는 뭔가를 가지고 : my $db = Bio::DB::Fasta->new($path,$options)
을 나는 바이오 파이썬에서 유사한 기능을 찾고 있어요. 이게 뭐니? FASTA :
이 질문은 'BioPerl'과 관련되어 있지만, 그 질문은 아마도 그보다 더 일반적인 것 같습니다. 기본적으로 Bio::Tree::TreeI 개체를 생성했으며이를 문자열 변수로 변환하려고합니다. > write_tree은 "스트림에 나무를 씁니다"- # a $tree = Bio::Tree::TreeI->new() (which I know is an actua
BioPerl을 사용하여 GenBank 파일에서 CDS 및 해당 아미노산 서열을 추출하려고합니다. 스크립트는 아래와 같습니다 while (my $seq_object = $in->next_seq){
for my $feat_object ($seq_object->get_SeqFeatures) {
if ($feat_object ->primary_tag
이중 제한 효소 절단을 위해 수천 개의 서열을 분석하려고합니다. 이 예에서는이 두 효소가 EcoRI와 MspI라고 가정 해 봅니다. 나는 이것을 위해 Bioperl 모듈을 사용하고 있으며 (아래 코드를 보시오), 단일 효소로 작동시킬 수있다. 두 가지 효소가 모두 작용하여 이상한 결과를 주거나 예상대로 작동하지 않는 것입니다. 코드가 좀 이상한 이유로 소수
perl 모듈 Bio :: Perl에 의해 객체가 만들어 졌는지 확인하려고 할 때 "정의되지 않은 값에 'xxxx'메서드를 호출 할 수 없습니다."와 같은 오류가 발생합니다. 속성에 값이 있는지 여부를 확인하는 일반적인 방법이 있습니까? if ($the_object->the_attribute) {
그러나만큼 속성이 "미확정"있는 그대로, 메서드를 호출하
유전자 전 사물을 가진 파일의 고유 ID를 만들고 싶습니다. 각 행은 transcript_id와 intron으로 구성되며, 염색체 : start_coord-end_coord : strand 형식으로 조정됩니다. 내 파일은 다음과 같습니다 : 나는 반복적 transcript_ids (1 열)를 결합 할 CUFF.59321 chr7:134136506-1341
I는 다음과 같다 게놈 영역을 특성화 파일 가지고 기본적 PGB이 염색체 번호 (CHROM) 특징 게놈 영역의 종류를 설명 chrom chromStart chromEnd PGB
chr1 12874 28371 2
chr1 15765 21765 1
chr1 15795 28371 2
chr1 18759 24759 1
chr1 28370 34961 1
CPAN을 설치 한 다음 Bioperl을 성공적으로 설치했습니다. 8 을 코모도 편집 : 나는 /usr/bin 그러나, 파일은 내가 Komodo IDE에 바이오 :: SeqIO을 사용할 수 없습니다입니다 home/.cpan/build/BioPerl-1.61/Bio/ 에 존재에서 바이오 펄 폴더를 찾을 수 없습니다 OS : Ubuntu 12.04 Perl -
cpanm을 통해 BioPerl 모듈을 설치할 수 없습니다. sudo cpanm Bio::SeqIO
으로 출력은 말한다 : --> Working on Bio::SeqIO
Fetching http://www.cpan.org/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/BioPerl-1.6.922.tar.gz ... OK
Configuring BioPe