Biopython의 distancematrix 함수를 사용하는 방법은 무엇입니까?

http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.Cluster.Record-class.html#distancematrix을 사용하여 데이터 세트에서 거리 거리 행렬 (거리 거리 함수 사용)을 계산하고 싶습니다. 그러나 오류가 계속 발생하는 것처럼 보입니다. 일반적으로 순위가 2가 아닌 것으로 나타났습니다. 실제로 원하는 것이 무엇인지 확실하지 않습니다. 문서는 절대로 말하지 않고 온라인으로 예제가 없기 때문에 입력으로 사용하십시오. Biopython의 distancematrix 함수를 사용하는 방법은 무엇입니까?

내가 어떤 정렬 된 유전자 서열에서 읽은 말 :

data = Align.read("dataset.fasta","fasta")

수행 할 것이다 그러나 Cluster.Record 클래스의 거리 행렬이 동의하지 않는

SingleLetterAlphabet() alignment with 7 rows and 52 columns 
AEPNAATNYATEAMDSLKTQAIDLISQTWPVVTTVVVAGLVIRL...SKA COATB_BPIKE/30-81 
AEPNAATNYATEAMDSLKTQAIDLISQTWPVVTTVVVAGLVIKL...SRA Q9T0Q8_BPIKE/1-52 
DGTSTATSYATEAMNSLKTQATDLIDQTWPVVTSVAVAGLAIRL...SKA COATB_BPI22/32-83 
AEGDDP---AKAAFNSLQASATEYIGYAWAMVVVIVGATIGIKL...SKA COATB_BPM13/24-72 
AEGDDP---AKAAFDSLQASATEYIGYAWAMVVVIVGATIGIKL...SKA COATB_BPZJ2/1-49 
AEGDDP---AKAAFDSLQASATEYIGYAWAMVVVIVGATIGIKL...SKA Q9T0Q9_BPFD/1-49 
FAADDATSQAKAAFDSLTAQATEMSGYAWALVVLVVGATVGIKL...SRA COATB_BPIF1/22-73

. 어떻게 작동시킬 수 있습니까? ie

dist_mtx = distancematrix(data)

출처

2016-10-07 stochasticats

디버깅 도움을 요청하는 질문 (** "왜이 코드가 작동하지 않습니까?"**)에는 원하는 동작, * 특정 문제 또는 오류 * 및 *이를 재현하는 데 필요한 가장 짧은 코드 **가 포함되어야합니다. 질문 자체 **. ** 명확한 문제 성명 **이없는 질문은 다른 독자에게 유용하지 않습니다. See : [최소한의 완전하고 검증 가능한 예제를 만드는 방법] (http://stackoverflow.com/help/mcve). – MattDMo

짧은 대답 : 당신은하지 않습니다. documentation 가입일

기록 저장 유전자 발현 데이터와 Cluster 개체 유전자 발현 데이터되지 MSA에 사용

관련 정보. 파이썬에서 실행되는 MSARC과 같은 외부 도구를 사용하는 것이 좋습니다.

출처

2016-10-08 11:55:04

Biopython의 distancematrix 함수를 사용하는 방법은 무엇입니까?

답변

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