ggplot2

Question

내가 가지고있는 다음과 같은 데이터 프레임 :

:이 이미지를 만들 수 있습니다

par(mfrow=c(2,3), mai=c(1,0.4,0.4,0.1), omi=rep(0,4)) 
    for (i in c(2:7)){ 
     # deliberately skip i=1 
     # so we 2 x 3 can fit in image 

     boxplot(SPVsR_i[,i]~as.factor(samples_i), outline=F, density=c(10,20,300), las=2, yaxt="n", col=c(brewer.pal(3,"Blues"), 
     brewer.pal(3, "Oranges")), density=c(10,20,300), at=c(1,2,3,5,6,7)) 
     title(colnames(irisTag_i)[i]) 
    } 

samples_i <- c("LAIV D0", "LAIV D3", "LAIV D7", "LAIV D0", "LAIV D3", "LAIV D7", 
"TIV D0", "TIV D3", "TIV D7", "TIV D0", "TIV D3", "TIV D7") 

irisTag_i <- structure(c(0, 0, 0, 11.2672863636364, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 13.8881727272727, 
0, 0, 0), .Dim = c(2L, 7L), .Dimnames = list(c("HSP90B1", "DNAJB1" 
), c("Neutrophil", "Tcell", "Monocyte", "Bcell", "NKcell", "PlasmaCell", 
"DendriticCell"))) 


SPVsR_i <- structure(c(0.1620678925564, -0.0609851972808482, -0.101082695275552, 
0.184268723991321, -0.0899021067853178, -0.0943666172060028, 
0.178289177586651, -0.0823892768809311, -0.0958999007057199, 
0.0331377432233005, 0.00289013805790048, -0.036027881281201, 
-0.0531973808347148, 0.0213528550009522, 0.0318445258337625, 
0.0179790366380429, 0.00347902775389391, -0.0214580643919368, 
-0.0136820170970586, 0.0142833182813199, -0.000601301184261278, 
0.0109856660204762, -0.00528600624634141, -0.00569965977413478, 
-0.0760171167711921, 0.0344372228755224, 0.0415798938956697, 
-0.114239469843063, 0.0217218301803764, 0.0925176396626868, -0.113283279031257, 
0.0424936766667866, 0.07078960236447, -0.14127024964406, 0.0595080054464686, 
0.0817622441975909, -0.0100499090500894, 0.0131491664210288, 
-0.00309925737093941, 0.101206058442775, 0.0231964804556542, 
-0.124402538898429, 0.00411785437964246, 0.0405556634613935, 
-0.044673517841036, 0.0720705616752313, -0.00782701824901867, 
-0.0642435434262126, 0.0753224665976433, -0.0323083061719772, 
-0.0430141604256661, -0.0654080281579984, 0.0124273486220488, 
0.0529806795359496, -0.0519970799923912, 0.00818146905729871, 
0.0438156109350925, 0.0200682008260364, -0.0466408267852637, 
0.0265726259592274, -0.0390251373720762, -0.0115216989414941, 
0.0505468363135703, 0.0321298528741327, -0.0151866963239294, 
-0.0169431565502034, -0.0310600302048482, 0.00718748395053659, 
0.0238725462543116, -0.0216937374381297, -0.00559429498828404, 
0.0272880324264137, 0.0288166559498562, -0.0173984873138801, 
-0.0114181686359761, -0.0176892628883129, -0.0235673738231865, 
0.0412566367114994, -0.00794904064609583, -0.000656094604392996, 
0.00860513525048881, -0.0538196455977893, 0.0200107051556589, 
0.0338089404421304), .Dim = c(12L, 7L), .Dimnames = list(c("1", 
"2", "3", "4", "5", "6", "7", "8", "9", "10", "11", "12"), c("Neutrophil", 
"Tcell", "Monocyte", "Bcell", "NKcell", "PlasmaCell", "DendriticCell" 
))) 

그리고이 코드

위의 동일한 세 가지 데이터 프레임을 사용하여 어떻게 ggplot2를 사용하여 비슷한 결과를 얻을 수 있습니까?

나는이 시도했지만 실패 :

• 가 y 축 수정 :하는 방법을 구체적으로

  

  나도 몰라 :

  library(reshape2) 
  library(ggplot2) 
  
  nsamplesv <- cbind(SPVsR_i, samples_i,deparse.level=2) 
  nsamplesv_df <- as.data.frame.matrix(nsamplesv) 
  nsamplesv.m <- melt(nsamplesv_df,id.vars=c('samples_i')) 
  colnames(nsamplesv.m) <- c("samples",'celltype','score') 
  
  p <- ggplot(nsamplesv.m, aes(samples,score)) +geom_boxplot() +facet_wrap(~ celltype) 
  p 
  

  이 이미지를 생성합니다 진드기가 적고 3 자릿수가 적다.

• 상자가 표시되지 않습니다. 각 프레임에는 6 개의 상자가 있어야합니다.
• 상자의 색을 지정하고 싶습니다. LAIV는 블루스로, TIV는 노랑색으로.
• x 축을 180도 회전합니다.

  library(ggplot2) 
  library(dplyr) 
  library(tidyr) 
  library(RColorBrewer) 
  
  as_data_frame(SPVsR_i) %>% 
      bind_cols(data_frame(sample=samples_i)) %>% 
      gather(celltype, score, -sample) %>% 
      mutate(celltype=factor(celltype, levels=unique(celltype))) %>% 
      filter(!(celltype %in% c("Neutrophil"))) -> df 
  

  ggplot2 데이터 프레임에 매핑 미학을 필요로하거나 보장 참조 변수를 사용하고있는 데이터와 동일한 길이있다 :

Answer 1

여기에 데이터를 바꿀 수있는 좋은 방법입니다.

여기에서 원하는 출력을 모방했지만 시청자를 존중하고 머리를 기울여 X 축 레이블을 읽지 않도록하십시오. Boxplots에는 (IMO) 주요 Y 축 선이 있어야하므로 인간의 두뇌가 값을 해독하는 것이 더 쉽습니다. 100 % 필요한 것은 아니지만 이해의 원조가됩니다.

플롯에서 자유로운 Y 축 비늘에주의하지 않아도 여기에 없지만 다소 공포에 사로 잡혀 있습니다. Y 축 눈금 레이블을 사용해도 사람들이 똑같은 눈금으로 셀 유형을 비교하려고 시도하지 않도록해야합니다 (기본적으로/그림을 디코딩하기 위해 작업 할 때 자동으로 수행되지만 추가 레이블 지정 사람들이 지침을 읽었을 때 추가 처리 단계를 강요합니다).

p <- ggplot(df, aes(sample, score)) 
p <- p + geom_boxplot(aes(fill=sample)) 
p <- p + scale_fill_manual(values=c(brewer.pal(3,"Blues"), brewer.pal(3,"Oranges"))) 
p <- p + facet_wrap(~celltype, scales="free") 
p <- p + labs(x=NULL, y=NULL) 
p <- p + theme_bw(base_size=10) 
p <- p + theme(strip.background=element_blank()) 
p <- p + theme(strip.text=element_text(face="bold")) 
p <- p + theme(axis.text.x=element_text(angle=90, vjust=0.5)) 
p <- p + theme(panel.grid.major.x=element_blank()) 
p <- p + theme(panel.grid.major.y=element_blank()) 
p <- p + theme(panel.grid.minor.y=element_blank()) 
p <- p + theme(panel.margin=margin(20,20,20,20)) 
p <- p + theme(plot.margin=margin(20,20,20,20)) 
p <- p + theme(legend.position="none") 
p