비트 조작 연산자를 사용하는 비트 형식 변환

Question

비트 변환 문제가있어서 약간 어려움이 있습니다. 약간의 배경 지식 ... 일부 계산 생물학 문제를 해결하고 빠른 저녁 식사 (대용량 데이터 세트 다루기)가 필요합니다. 기본적으로 SNP의 다음 비트 표현을 가지고 있으며 마스크 /와/xor/등을 쓰고 싶습니다. 작업 나는 빨리 하나 개의 표현에서 다음을 변환 할 수 있도록 :

00

-> 100

01 -> 010

11 -> 001

그래서 예를 들어 00010111는 100010010001로 변환한다 . 나는 약간 큰 java.util.BitSet에 비트를 저장하고 비트 연산자를 사용하여 새로운 형식으로 변환 할 수 있기를 바랍니다.

도움이 될 것입니다.

Answer 1

나는 룩업 테이블을 사용할 것입니다. 한 번에 16 비트 씩 잡아서 24 비트 항목이있는 64K 테이블에서 찾으십시오.

int[] table = new int[65536]; 
table[0] = 0b100100100100100100100100; 
table[1] = 0b100100100100100100100010; 
... 
table[65535] = 0b001001001001001001001001; 
BitSet output = new BitSet(); 
for (int i = 0; i < length; i += 16) { 
    int x = (input.get(i) ? 1 : 0) 
      + (input.get(i+1) ? 2 : 0) 
      ... 
      + (input.get(i+15) ? 32768 : 0); 
    int y = table[x]; 
    output.set(i/16*24, (y & 1) != 0); 
    output.set(i/16*24 + 1, ((y>>1) & 1) != 0); 
    ... 
    output.set(i/16*24 + 23, ((y>>23) & 1) != 0); 
} 

Answer 2

나는 16 비트에서 24 비트까지의 룩업 테이블을 사용한다.