sequence-alignment

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Needleman-Wunsche 알고리즘을 구현하는 여러 개의 최적 편집 경로를 처리하는 방법은 무엇입니까?

생물학적 서열 비교를위한 Needleman-Wunsche 알고리즘을 구현하려고합니다. 경우에 따라 여러 개의 최적 편집 경로가 있습니다. 이것을 처리하는 bio-seq-compare 도구의 일반적인 방법은 무엇입니까? 대체/삽입/삭제 중 우선 순위/우선 순위는 무엇입니까? 여러 개의 편집 경로를 메모리에 유지하려면 모든 데이터 구조를 권장합니다. 또는 일반

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긴 쌍 현자단 뉴클레오티드 배열을 수행하는 알고리즘을 찾고

나는 참고 게놈의 하위 서열에 스캐 폴드를 정렬하여 가능한 SNPs 및 indels을 스캔하려고합니다. (원시 읽기는 사용할 수 없습니다). R/bioconductor과 Biostrings 패키지의 pairwiseAlignment 함수를 사용하고 있습니다. 나는 오류 메시지와 함께 같은 56kbp 발판을 정렬하려고 할 때 이 작은 발판을 위해 잘 작동하지만

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한 번에 열 10 개를 순환 반복

데이터 프레임이 1000 열입니다. 한 번에 열 10 개 이상을 반복하고 TraMineR 패키지의 seqdef() 기능을 사용하여 해당 열의 데이터에서 시퀀스 정렬을 수행하려고합니다. 따라서이 함수를 첫 번째 행의 1-10 열에 두 번째 행의 11-20 행을 최대 1000까지 적용하려고합니다. 이것은 사용중인 코드입니다. . library(TraMineR)

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USART 데이터의 각 블록에서 첫 번째 바이트 식별하기

블록이 업데이트되고 반복되는 8 비트 데이터 스트림의 각 블록에서 첫 번째 바이트를 지정/식별하기위한 수용/효과적인 수단이 있습니까? 나는 GCC를 사용하고있다. 이것은 두 개의 uC 사이에서 USART를 통해 전달되는 제어 설정 데이터이며 수신 측에서 프레임 정렬을 보장해야합니다. 블록의 각 인스턴스에 헤더를 추가 할 수 있지만 데이터는 헤더에있을 수있는

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전역 시퀀스 정렬 동적 프로그래밍 매트릭스에서 최소값을 찾는 방법

2 시퀀스 AACAGTTACC 및 TAAGGTCA이 있고 전체 시퀀스 정렬을 찾으려고합니다. 나는 2D 배열을 만들고 매트릭스를 만들었고, 심지어는 반 동적 접근 방식으로 채웠습니다. 여기 행렬을 채우기 위해 내 코드입니다 : void process() { for (int i = 1; i <= sequenceA.length; i++) {

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생물 정보학 쿼리를위한 python 스크립트를 수정하는 방법

저는 파이썬에 대해 아주 익숙하며 가능하면 도움을 주셔서 감사드립니다. 나는 밀접하게 관련된 두 유기체 [E_C & E_F]의 유전체를 비교하고 기본적인 삽입과 삭제를 확인하려고한다. 나는 두 유기체의 서열을 사용하여 FASTA pairwise alignment (glsearch36)를 수행했다. 아래는 다른 시퀀스 (쿼리)의 갭에 해당하는 하나의 시퀀스

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다중 서열 정렬 - 정렬에 덧붙임

나는 이미 다중 서열 정렬을 한 520 개의 인플루엔자 서열 세트를 가지고 있고 쌍 단위 항체를 계산했다. 다른 시퀀스를 추가하려면 모든 것을 재정렬하고 전체 PWI 행렬을 다시 계산해야합니다. 정렬에이 다른 시퀀스를 "추가"하고 PWI w.r.t 만 계산할 수있는 프로그램이 있습니까? 다른 모든 시퀀스? 간단한 예는 다음과 같습니다. 다음 점수로 2x2

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최소 서브 시퀀스 길이 제약 조건을 가진 시퀀스 정렬

최소 서브 시퀀스 길이 제약 조건을 갖는 시퀀스 정렬을 어떻게 구현할 수 있습니까? 예를 들어 이들 입력에 대한 최소 서브 시퀀스 길이를 3이라고합시다. Smith-Waterman을 사용하면 아래와 같이 출력됩니다. ATACGGACC || ||| ATCATAACC 대신 아래처럼 필요합니다. ---ATACGGACC ||| ||| ATCATA

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아핀 갭 페널티가있는 Smith-Wateman 알고리즘의 추적

아핀 갭 패널티 함수를 사용하여 로컬 시퀀스 정렬을위한 Smith-Waterman 알고리즘을 구현하려고합니다. 나는 정렬 점수를 계산하는 데 필요한 행렬을 시작하고 계산하는 방법을 이해하지만 정렬을 찾기 위해 역 추적하는 방법을 알지 못한다고 생각합니다. 필요한 3 행렬을 생성하려면 다음 코드를 사용하십시오. for j in range(1, len2):

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갭 페널티 기능을 사용하는 글로벌 정렬

어떤 몸이라도 다음 문제를 도와 줄 수 있습니까?! 매개 변수 k에 대한 는 정렬이 가장 K 갭 (연속 삽입과 삭제 블록)에 포함 된 제한에 따라 두 문자열 사이의 전역 얼라인먼트를 계산한다.