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ImageJ를 사용하는 대형 클러스터에서 많은 시간 지점을 갖는 스크립팅 병렬 반복 deconvolution

내가 공유하고 싶은 재미있는 ImageJ 스크립팅 문제가 있습니다. 영상 과학자는 13 'Z-stack'이미지로 258 시간의 데이터 세트를 제공합니다. 모두 함께 3,354 개의 티파니 이미지가 있습니다. 그는 imageJ 매크로 기록 기능을 사용하여 만든 매크로를 가지고 있으며, 매크로는 영원히 필요하지 않는 한 자신의 Windows 컴퓨터에서 작동합니

javascript imagej pbs 2014-11-13

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여러 사용자 환경에서 PBS (휴대용 일괄 처리 시스템)를 실행하는 방법은 무엇입니까?

최근에 저는 연구소 용 PBS를 구성했습니다. 그것은 아주 잘 사용자, PB로 실행할 수 있습니다. 그러나 다른 사용자 (예 : jhsong)에서는 실행할 수 없습니다. 그것은 다음 메시지를 제공합니다 : echo "sleep 1" | qsub socket_connect_unix failed: 15137 qsub: cannot connect to ser

pbs qsub torque 2014-11-20

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토크 trqauthd 내가 오류 다음 GET,

실패 유지 : socket_connect_unix failed: 15137 socket_connect_unix failed: 15137 socket_connect_unix failed: 15137 qstat: cannot connect to server (null) (errno=15137) could not connect to trqauthd

hpc pbs torque 2016-06-01

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설정 토크/모압 클러스터는이에 대한 후속 단일 루프

와 노드 당 여러 개의 코어를 사용하는 [How to set up doSNOW and SOCK cluster with Torque/MOAB scheduler? 나는 단지 1 개 foreach 루프를 사용하여 메모리 제한 스크립트하지만이 반복을 좀하고 싶습니다있다 노드 1에서 실행되고 반복 2는 노드 2에서 실행됩니다. 위의 링크 된 질문을 사용하면 외부 루

r foreach pbs torque 2015-01-21

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Python을 사용하여 숫자 인수가있는 QSUB에 작업 제출

SGE (QSUB)를 사용하여 클러스터의 다른 노드에 파이썬 함수, 예를 들어 my_fun(x1,x2)을 실행하고 싶습니다. 나는 명령 줄에서 숫자 인수에 소요 스크립트 my_script.py를 생성, 그래서 로컬로 실행 할 때, 나는 지금은 서로 다른 값을 가진 루프에서 클러스터에이 스크립트를 제출할 python my_script.py x1 x2 로

python subprocess cluster-computing pbs qsub 2016-06-03

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Torque BankFailure (구좌에서 인출 할 수 없음)

나는 토크 스케쥴러에 익숙하지 않아 나는 checkjob 명령 결과를 이해하려고 노력한다 : BankFailure (cannot debit job account). 그것은 작업이 "Q"를 표시하고 나는 checkjob [job_id]를 입력 할 때 나는이 메시지를받을 를 부착 한 것으로 나타났습니다 우려 : 토크 공식 문서에 따르면 State: Idle E

pbs torque 2016-06-06

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대기열에서 클러스터의 작업 위치를 확인하는 방법은 무엇입니까?

클러스터 컴퓨터를 사용하여 "lmem"작업을 계산 중입니다. 나는 일자리를 하루 전에 제출했는데 일반적으로 작업이 즉시 시작되고 실행 시간을 qstat으로 모니터링 할 수 있지만이 작업은 대기열에 남아 있습니다. 나는 `Queue Memory CPU Time Walltime Node Run Que Lm State ---------------- ----

queue cluster-computing pbs qsub 2016-06-06

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제거 내가 PBS 서버에서 일하고 있어요 qstat를 목록

에서 작업을 종료하고 난 입력 할 때 qstat를 -u 사용자 이름 -t ​​나는 다음과 같은 출력을 얻을 : Req'd Req'd Elap Job ID Username Queue Jobname SessID NDS TSK Memory Time S Time -------------------- -------- --

jobs global-asax pbs torque 2016-06-12

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는 qsub를

에 -t 옵션을 이해 문서는 정확히 -t 옵션은 문서에서 qsub http://docs.adaptivecomputing.com/torque/4-0-2/Content/topics/commands/qsub.htm 사용하여 작업 제출에서 수행되고 있는지에 조금 불분명하다 : - t 작업 배열의 작업 ID를 지정합니다. 단일 작업 배열이 허용됩니다. array_r

pbs qsub torque 2016-06-12

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토크 qsub : 출력/출력 파일 변경 대상이 작동하지 않습니다.

내가 수행 한 작업 : qsub myscript.sh 그런 다음 스크립트 경로에 myscript.sh.e12 및 myscript.sh.o12 파일이 생성됩니다. 하지만 할 경우 : qsub -o /tmp/my.out myscript.sh 그런 다음/tmp와 스크립트 경로에는 myscript.sh.e12 파일 만 존재합니다. 이동 중에 출력 파일이 손실됩니다

output pbs torque 2014-12-23

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