내 문제가 있습니다. 시퀀스 내의 알려진 모티프 사이의 평균 거리를 찾고 이것을 서열 목록으로 확장하십시오 ... 첫 번째 부분이 완료되면 두 번째 부분 (시퀀스 목록으로 확장)이 문제의 하나입니다! 그래서, 여기에 방법 내가 첫 부분을하고있는 중이은 : source("motifOccurrence.R") #https://www.r-bloggers.com/c
나는 DNA 서열을 가지고있다. ATCG라고 부르 자. 필자는 두 개의 개별 파일에 DNA 시퀀스의 2 개의 작은 데이터베이스를 가지고 있습니다. "db1.txt"및 "db2.txt"라고합니다. >name of sequence
EXAMPLESEQUENCEATCGATCG
>name of another sequence
ASECONDEXAMPLESEQUEN
예를 들어 ATCGATCG와 같은 DNA 시퀀스가 있습니다. 다음과 같이 나 또한 형식의 DNA 서열의 데이터베이스를 가지고 : >Name of sequence1
SEQUENCEONEEXAMPLEGATCGATC
>Name of sequence2
SEQUENCETWOEXAMPLEGATCGATC
(그래서 홀수 라인의 이름을 포함하고, 짝수 라인 시
DNA 문자열을 포함하는 fasta 파일이 있습니다. 긍정적 인 데이터에서 부정적인 데이터 세트를 생성하고 싶습니다. 한 가지 방법은 내 데이터에서 특정 시퀀스를 제외하고 데이터를 셔플하는 것입니다. 그래서 결과가 될 것 ATAT,CGCA
: ACTATACGCTACGATCTACGTACGATCG
CAGCAGCAGCGAGACTATCCTAC
CGATAAA
나는 이것이 쉬운 일이라고 확신하지만, 나는 생물 정보학적인 경험이 매우 제한적이다. 동일한 12 종의 서로 다른 유전자의 정렬을 포함하는 많은 -100,000 개의 FASTA 파일이 있습니다. 각 파일은 다음과 같이 보입니다 : 같은 방법으로 정렬 >dmel
ACTTTTGATACAATTAAC
>dsim
AATCCCAGACAAATTAAG
>dsec
에 섞어서 DNA 염기 서열 목록이 있는데 그 내용을 혼합하고 싶습니다. dna_mix: [1] TACAATTACT
[2] CATGCTAG
[3] CCTGATCTCGAC
가 어떻게 R이 작업을 수행 할 수 있습니다 이의 내가 좋아하는 믹스 DNA 컨텐츠를 생성 할 dna_lst: [1] AATTAATTCC
[2] ATCGATCG
[3] TTTAA
이있는 인덱스를 제외하는 동일한 유형의 작은 배열로 변환하면 다음과 같은 방법으로 null 문자로 시작하는 문자열이 작성되고 그 이유를 알 수 없습니다. 어떤 설명이나 더 나은 해결책은 크게 감사하겠습니다. 감사합니다 , mrBurlCe는 /* sample input:
SequenceCharSequence[] seqs = new SequenceCharSe
나는 ~ 13K 염기 서열을 120 염기가 가지고 있으며, 보존 된 부위와 같은 것을 발견하기 위해 그것들을 비교하기를 원합니다. 문제는이 일련의 시퀀스로 시도한 사항을 수행 할 수 없다는 것입니다. 그래서 누구나이 크기로 비슷한 것을했는데 달성 할 수있는 힌트를 줄 수 있습니까? 아니면 내가 알아야 할 몇 가지 팁이 있을까요?
시퀀스에서 sequence이라는 문자열 변수를 읽는이 프로그램을 작성하려고 시도하면 sequence에 유효한 DNA 시퀀스가 들어 있는지 여부를 알아냅니다. 하나의 for과 하나의 if-elif-else 문을 사용하여 그 서열이 유효한 DNA인지 아닌지를 확인하고 싶습니다. 이것은 내가 지금까지 쓴 것입니다 : sequence = input("Pleas
DNAstrand 개체의 기본 문자열이 더 작은 문자열 (이 매개 변수가 될 것입니다)과 비교되는 프로그램에 대한 메서드를 만들려고합니다.이 메서드는 다음과 같은 패턴을 검색합니다. DNAstrand 객체의 기본. 패턴을 찾으면 DNAStrand 객체에서 패턴의 시작 위치 번호를 반환합니다. 지금까지 시도했지만 코드가 작동하지 않습니다. 여기까지 내 코드가