pycogent를 사용하여 파이썬 2.7에서 조상 순서를 만드는 방법은 무엇입니까?

Question

나는 생물 정보학 프로젝트에서 일하고 있으며 Python 2.7에서 pycogent라는 모듈을 실행하려고합니다. 내 목표는 정렬 된 16s Fastq 시퀀스로 구성된 파일에서 조상 시퀀스를 만드는 것입니다.

from cogent import LoadSeqs 
aln = LoadSeqs('FullStrep.fasta') 
lf.setAlignment(aln) 
lf.optimise(show_progress=False, local=True) 
ancestors = lf.likelyAncestralSeqs() 
print ancestors 

을 그러나, 나는 다음과 같은 오류 메시지가 무엇입니까 다음과 같이

내 파이썬 코드입니다.

Traceback (most recent call last): 
    File "/Users/paulfryling/Desktop/Mypythonproj/pycogentancestor", line 1, in <module> 
    from cogent import LoadSeqs 
    File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/cogent/__init__.py", line 5, in <module> 
    import numpy 
    File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/__init__.py", line 137, in <module> 
    import add_newdocs 
    File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/add_newdocs.py", line 9, in <module> 
    from numpy.lib import add_newdoc 
    File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/__init__.py", line 4, in <module> 
    from type_check import * 
    File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/type_check.py", line 8, in <module> 
    import numpy.core.numeric as _nx 
    File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/__init__.py", line 5, in <module> 
    import multiarray 
ImportError: dlopen(/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/multiarray.so, 2): no suitable image found. Did find: 
    /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/multiarray.so: no matching architecture in universal wrapper 
>>> 

어떤 도움이나 지침이든지 대단히 감사하겠습니다.

최고 감사합니다,

폴

Answer 1

당신이 가진 문제는 당신이 PyCogent의 의존성의 일부를하지 않는 것입니다, 그리고 그들 중 상당수가 있지만 다음과 같은 세 가지가 있다면, 당신은 것입니다 거의 모든 것을 사용할 수 있어야합니다.

• 32-bit version for: Panther (10.3), Tiger (10.4), Leopard (10.5) or Snow Leopard (10.6) :

  설치하기 위해 수행해야 할 첫 번째 일은

  당신이 맥 OS X에 있기 때문에 당신이 사용하고있는 현재의 OS 버전을 선택, ** 파이썬입니다.
• 64-bit version for: Snow Leopard (10.6), Lion (10.7) or Mountain Lion (10.8).
  • Panther (10.3) or Tiger (10.4)을 : 당신이 필요합니다

  다음 것은 당신이 여기에서 유사하게 다운로드 할 수 있습니다 NumPy와있다.

• Leopard (10.5).
• Snow Leopard (10.6), Lion (10.7) or Mountain Lion (10.8).

다음으로하기 matplotlib를 설치해야합니다

• Panther (10.3), Tiger (10.5) or Leopard (10.5)합니다.
• Snow Leopard (10.6), Lion (10.7) or Mountain Lion (10.8).

  1. 다운로드하여 컴퓨터에이 file 압축을 풉니 다 : 당신은 모든이 있으면

, 당신은 이렇게하려면 PyCogent 라이브러리를 설치해야합니다. 터미널에서

이 파일을 다운로드 한 폴더로 이동 한 PyCogent 폴더 안에, 다음 명령을 실행

---

python setup.py build 
sudo python setup.py install 

그리고 그 모든 것을해야합니다.

필요한 경우 optional installs을 설치할 수 있습니다.

** 컴퓨터에 Python이 하나 설치되어있을지라도, Python.org의 Python이 PyCogent의 종속성 중 하나 인 Matplotlib 와도 호환 될 수 있으므로 Python.org에서 Python을 설치하는 것이 좋습니다.