R heatmap.2 (gplots) 액세스 dendogram 데이터

Question

R에서는 heatmap.2 (gplots 패키지에서)를 사용하여 일부 데이터를 클러스터하고 시각화합니다.

내 데이터를 추가로 조작하려면 덤 드로 그램 (클러스터) 열에 액세스하고 싶습니다. 예를 들어

:

x = matrix(runif(250), nrow= 50) h = heatmap.2(x) 

h$colDendrogram 
'dendrogram' with 2 branches and 5 members total, at height 3.033438 

상기 제 1 분기 속하는 열의 인덱스 및 자동 방식 (제에 속하는 알 수있는 방법이된다 물론 간단한 경우 x 축의 레이블을 볼 수도 있습니다).

어떻게 다른 하위 분기에 액세스 할 수 있습니까?

Answer 1

as.hclust() 함수를 사용하여 결과 객체를 R hclust 객체처럼 취급 할 수 있습니다.

질문에 제시된 특정 경우에있어서,이 방법은 하나의 액세스 열 dendrogram은 :

colhclust = as.hclust(h$colDendrogram) 
groups = cutree(cl,2) 

기는 각 열들의 그룹을 포함하는 벡터이고;

id_g1 = which(groups == 1) 

에는 첫 번째 분기에 속한 항목의 색인이 포함됩니다.