오류 : 파일에 오류가 있습니다 (con, "r") : 연결을 열 수 없습니다

R에서 bio3d 패키지를 사용하여 dssp 기능을 실행하려고합니다. 그러나 오류가 발생합니다.오류 : 파일에 오류가 있습니다 (con, "r") : 연결을 열 수 없습니다

library("bio3d") 
pdb <- read.pdb("1CRN") 
x <- dssp(pdb, exepath="C:/dssp/dssp.exe") 

Error in file(con, "r") : cannot open the connection

제안 사항.

수정 (DSSP)

다음 줄을 재 작성 :

시스템 (붙여 넣기 (exepath, "-c DSSP을"

2012-03-25 lara

당신을 위해 dssp' 일'에서 예제를 수행 오? 예제에서 exepath를 포함 시키십시오. 그렇지 않다면 항상 dssp.exe의 경로를 PATH에 포함시키고 exepath를 모두 togehter로 입력하지 않아도됩니다. –

원래 질문에 답했습니다. http://biostar.stackexchange.com/questions/19053/secondary-structure-analysis-with-dssp-in-r/19118#19118 – neilfws

@neilfws 해당 링크는 다음과 같습니다. 나를 위해 깨진, 당신은 여기에뿐만 아니라 대답을 복제 수있는 기회? – ThomasH

당신이 DSSP 기능 4. 기본값을 수정해야 그것을 해결하기 , INFILE, ",", OUTFILE 9 월 = "") ignore.stderr = TRUE) "-c"의

"-i"istead 및 '- "의 intead" "

chears

2013-01-08 16:32:34

답변