ggsurv 범례 및 라인 두께

Question

ggplot의 ggsurv 기능에 문제가 있습니다.

범례 및 선 스타일로 모양의 순서를 제어하고 싶습니다.

나는 다른 사람이 비슷한 문제를 가지고 있지만, 내가 대체 전설의 표준 값을 예상했을 것이다 여기

library(GGally) 
library(survival) 
data(lung) 
surv1 <- survfit(Surv(time,status) ~ sex, data = lung) 
p1 <- ggsurv(surv1, lty.est=c(1,2), surv.col=c("black", "red")) 
p1 <- p1 + scale_colour_discrete(name = 'sex', breaks = c(1,2), labels=c('XX','XY')) 
p1 

로 내 문제가 표준 폐 데이터를 사용하여 솔루션

을 이해 해달라고 볼 수 있습니다

XX와 XY로. 하지만 중복 된 전설이 생깁니다. 하나는 올바른 선 속성이지만 잘못된 이름과 색상이 있습니다. 올바른 이름과 색상을 사용하지만 잘못된 라인 속성이있는 것도 있습니다. 나는 무엇을 이해하지 못하는

나는

p1 <- p1 + guides(colour = FALSE) 

를 삽입하려고 노력하지만 전설

의 잘못된 부분을 제거? 오징어의 의견에

감사 솔루션은 다음과 같습니다

library(GGally) 
library(survival) 
data(lung) 
surv1 <- survfit(Surv(time,status) ~ sex, data = lung) 
p1 <- ggsurv(surv1, lty.est=c(1,2), surv.col=c("black", "red")) 
p1 <- p1 + scale_colour_discrete(name = 'sex', breaks = c(1,2), labels=c('XX','XY')) 
p1 <- p1 + guides(linetype = F, colour = guide_legend(override.aes = list(linetype = c(2,1)))) 
p1 

나는 override.aes ​​수동으로 전설에 사용 된 선 유형을 설정하는 것이 이해할 수있다. linetype = F가 실제로하는 일을 충분히 확신 할 수는 없지만 작동합니다!

두 번째 질문입니다. 수동으로 라인의 두께를 설정하는 방법 (두 그래프와 범례에)

는

p1 <- p1 + geom_line(size=2) 

이 작동하지 않습니다 추가. 그것은 orignal 것들과 완전히 정렬되지 않은 못생긴 검은 선을 그립니다.

Answer 1

, 그것은 여기에 같은 상황에서 다른 사람을 위해

내가 손으로 내가 원하는 것을 바꿀 수있는 곳 내 코드입니다 (나는 몰랐어요) ggfortify과 협력

if(!require(survival)){ 
    install.packages("survival") 
} 
library(survival) 

if(!require(GGally)){ 
    install.packages("GGally") 
} 
library(GGally) 

if(!require(ggplot2)){ 
    install.packages("ggplot2") 
} 
library(ggplot2) 

if(!require(ggfortify)){ 
    install.packages("ggfortify") 
} 
library(ggfortify) 


    fit <- survfit(Surv(age_at_ecg, age_at_censor, dod) ~ rs9388451, data = exom) 
    plot.data = fortify(fit) 
    p1 <- ggplot(plot.data, aes(time, surv, color = strata)) 
    p1 <- p1 + geom_point(size=0) 
    p1 <- p1 + geom_step(size=2) 
    p1 <- p1 + scale_color_manual(name = "rs9388451", labels = c('WT', 'Heterozygote', 'Homozygote'), values = c('black', 'blue', 'red')) 
    p1 <- p1 + scale_x_continuous(limits=c(30,80),breaks=seq(30,80,10)) # x ticks from 0 to 180 by 30 
    p1 <- p1 + scale_y_continuous(limits=c(0.80,1),breaks=seq(0.80,1,0.05)) 
    p1 <- p1 + xlab("Age (years)") 
    p1 <- p1 + ylab('Survival') 
    p1 <- p1 + theme(panel.background = element_rect(fill="white")) # white plot background 
    p1 <- p1 + theme(legend.key = element_rect(fill="white")) 
    p1 <- p1 + theme(axis.title.y=element_text(margin=margin(0,15,0,0))) # Add space to axis title 
    p1 <- p1 + 
     theme(axis.text=element_text(size=25,face="bold",colour="black"), axis.title=element_text(size=25,face="bold")) 
    p1 <- p1 + theme(legend.text = element_text(colour="black", size=15, face="bold")) 
    p1 <- p1 + theme(legend.title = element_text(colour="black", size=15, face="bold")) 
    p1 

Answer 2

scale_color과 scale_linetype을 모두 사용하여 범례를 결합 할 수 있습니다. 두 저울의 이름과 레이블이 동일해야합니다. 색깔을 scale_color_manual에 다시 정의해야합니다.

ggsurv 개체의 변수 group을 사용하여 올바른 색과 선 종류를 설정하고 geom_step을 통해 선을 추가 할 수 있습니다. 단점은 원본의 상단에 두 번째 줄이 그려 지므로 결과가 반드시 좋지 않을 수 있다는 것입니다.

ggsurv(surv1, lty.est=c(1,2), surv.col=c("black", "red")) + 
    scale_color_manual(name = "sex", values = c("black", "red"), labels = c("XX", "YY")) + 
    scale_linetype_discrete(name = "sex", labels = c("XX", "YY")) + 
    geom_step(size = 1, aes(color = group, linetype = group)) 

ggplot2를 사용하여 "손으로"그래프를 작성할 가치가있는 충분한 요소를 변경하려는 경우가 있습니다. 모델 개체에 fortifyggfortify에서 생존 모델에 대해 수행 할 수 있습니다.aosmith의 조언을 마지막으로 인해

library(ggfortify)  
library(ggplot2)   
plot.data = fortify(surv1, surv.connect = TRUE) 

ggplot(plot.data, aes(time, surv, color = strata)) + 
    geom_step(aes(linetype = strata), size = 1) + 
    geom_point(data = subset(plot.data, n.censor > 0), shape = 3, color = "red") + 
    scale_color_manual(name = "sex", labels = c("XX", "YY"), values = c("black", "red")) + 
    scale_linetype_discrete(name = "sex", labels = c("XX", "YY")) + 
    labs(y = "Survival", x = "Time")