페어 와이즈 시퀀스 정렬을 수행하는 동안 시퀀스 파일의 일반적인 크기는 얼마입니까?

Question

페어 와이즈 시퀀스 정렬을 수행하는 동안 시퀀스 파일의 일반적인 크기는 얼마입니까? 우리는 유기체의 전체 게놈을 정렬 할 수 있습니까?

Answer 1

로컬 및 글로벌의 두 가지 유형의 pairwise 시퀀스 정렬이 있습니다.

로컬 쌍방향 정렬은 비슷한 두 시퀀스의 부분 만 찾으려고합니다. 큰 변화가 있기 때문에 일반적인 시퀀스 크기가 없습니다. 인간의 경우이 값은 http://bionumbers.hms.harvard.edu/bionumber.aspx?&id=104316&ver=1에 따라 10-15kb (10000-15000 염기쌍)입니다.

전역 정렬의 경우 두 시퀀스의 모든 잔여 물을 정렬하려고 시도합니다. 글로벌 정렬 방법을 사용하여 우리는 생물체의 전체 게놈을 정렬 할 수 있지만 이것은 게놈이 많이 분열하지 않은 밀접하게 관련된 생물체의 경우에만 사용됩니다. 그것을 할 수있는 방법의 예를 들어, 다음을 참조하십시오 http://genomewiki.ucsc.edu/index.php/Whole_genome_alignment_howto

또한,이 다수에게 더 유용 할 수 있습니다 전체 게놈 정렬 설명 : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3157923/