비건 채식 패키지로 널 모델에서 바둑판 점수 (C 점수)를 계산하는 방법 R

Question

최근 Null 모델 방법으로 바둑판 점수를 따라이 문서에서 채택한대로 동시 발생 분석을 위해 pvalue을 계산하려고합니다. "토양 미생물 군집에서의 동시 발생 패턴을 탐색하기 위해 네트워크 분석 사용".

채식주의 자 패키지의 명령과 인수의 사용법은이 글에서 잘 설명되지 않았습니다.

null 모델에서 체커 보드 스코어에 기반한 공존 분석을 수행하려면 R에서 완전 채식 패키지 전문가가 있어야한다고 생각합니다.

R의 null 모델에서 C 스코어를 계산할 때 사용해야하는 스크립트 나 명령 및 인수를 도와 줄 수 있습니까?

이 C-score는 공존을 나타내는 데 사용할 수있는 pvalue의 매트릭스를 반환합니까?

Answer 1

이이 C-점수의 빠른 견적을 제공해야을

library(vegan) 
library(bipartite) 
C.score(species, normalise=T, FUN=mean, na.rm=T)->cscore.speciesN 
C.score(species, normalise=F, FUN=mean, na.rm=T)->cscore.speciesS 
cscore.speciesN 
cscore.speciesS 

Answer 2

나는이 질문에 대답 할 수 같아요

library(vegan) 

library(bipartite) 

null.model <- oecosimu(species, bipartite::C.score, "swap", burnin=100, thin=10, statistic="evals", nsimul=10000) #where species is you species by sites matrix 

print(null.model)