Linux 환경에서 FSL 명령을 실행하는 데 문제가 있습니다.

Question

버전 4.1.8을 사용하여 FSL을 처음 사용했습니다. *.nii 파일을 읽고 생성하는 스크립트를 실행하려고합니다.이 파일은 일반적으로 FSL에서 지원합니다. FSL 함수를 에서 probtrackx으로 호출합니다.

** ERROR (nifti_image_read): failed to find header file for '~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001' 

** ERROR: nifti_image_open(~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001): bad header info 

ERROR: failed to open file ~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001 

ERROR: Could not open image ~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001 

파일이 존재하지만 FSL 그들을 인식하지 못합니다 : 그러나, 나는 *.nii 파일을 생성하거나 인식 할 겉으로 수없는 다음과 같은 오류 메시지가 나타납니다. 문제를 해결하고 FSL을 올바르게 작동시키는 방법에 대한 도움은 가장 감사 할 것입니다. Linux 설정 문제라고 생각합니다. 문제를 해결하는 방법을 모르겠습니다. 이전 게시물의 관련 문제에 대한 해결책은 ls='ls --color=auto'을 추가하는 것이 좋습니다. 나는 쓸데없이 노력했다.

Answer 1

일부 FSL 도구는 $FSLDIR 유닉스 환경 변수가 설정되어 있다고 가정합니다 (MATLAB 환경에서는 그렇지 않을 수도 있습니다). setenv('FSLDIR', '/usr/local/fsl')과 같은 것으로 고칠 수 있습니다 (물론 FSL 설치가 다른 곳에서는 수정됩니다). 일부는 또한 일반 FSL 설정 스크립트도 실행해야합니다 : system('. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh'). 참조 : http://www.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fsl/downloading.html. 대신 더 복잡한 probtrackx 스크립트의

먼저 시도하는 또 다른 것은 단순히 :

system('fslhd ~/Documents/fMRI_data/../DTI/fsl_dti/masks/target_mask_001') 

이 같은 오류가 발생하면, 당신은 잘못 데이터의 경로를 입력 한 것을 알고있다. 예를 들어, ..을 가지고 있다는 뜻입니까? 주석 및 솔루션을 제안하기위한 https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A0=fsl