Mykrobe 예측 자 JSON 대 TSV 변환기

Question

파일 변환과 관련하여 질문하고 싶습니다.

AMR 예측 실행 후 JSR 파일을 Mykrobe-predictor 스크립트 (json_to_tsv.py)를 기반으로 TSV 파일로 변환하려고합니다.이 파일은 JSON 출력 (result_TB.json)입니다. 내가 터미널에 명령을 붙여 넣을 때

./json_to_tsv.py /path/to/JSON_file 

, 나는

def get_sample_name(f): 
    return f.split('/')[-2] 

https://github.com/iqbal-lab/Mykrobe-predictor/blob/master/scripts/json_to_tsv.py#L78 라인 78에서 IndexError를 얻었다 그리고 여기에 오류가 나는 얻을 수있다 :

mykrobe_version file plate_name sample drug phylo_group species lineage phylo_group_per_covg species_per_covg lineage_per_covg phylo_group_depth species_depth lineage_depth susceptibility variants (gene:alt_depth:wt_depth:conf) genes (prot_mut-ref_mut:percent_covg:depth) 
    Traceback (most recent call last): 
    File "./json_to_tsv.py", line 157, in <module> 
    sample_name = get_sample_name(f) 
    File "./json_to_tsv.py", line 78, in get_sample_name 
    return f.split('/')[-2] 
    IndexError: list index out of range 

모든 의견을 주시면 감사하겠습니다. 나는 그들이 같은 것을 함께 컨버터를 호출 할 것으로 예상 추측 코드를 보면

Answer 1

:

python json_to_tsv.py plate/sample1/sample1.json 

같은 오류가 있는지 확인하고 plate라는 디렉토리 안에 sample1라는 디렉토리로 JSON 파일을 복사하십시오 위의 예와 같이 호출하면됩니다.

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업데이트

문제는 실제로 위와 같이 설명되어 있습니다.

는

가 작동하지 않습니다 : (prot_mut 유전자 (conf의 : alt_depth : wt_depth 유전자)

python json_to_tsv.py result_TB.json 

mykrobe_version 파일 plate_name 샘플 약물 phylo_group 종의 혈통 phylo_group_per_covg species_per_covg lineage_per_covg phylo_group_depth species_depth lineage_depth 감수성이 변형 -ref_mut : percent_covg : 깊이)

Traceback (most recent call last): File "json_to_tsv.py", line 157, in <module> 
    sample_name = get_sample_name(f) File "json_to_tsv.py", line 78, in get_sample_name 
    return f.split('/')[-2] IndexError: list index out of range 

작품 :

python json_to_tsv.py plate/sample/result_TB.json 

mykrobe_version 파일 plate_name 샘플 약물 phylo_group 종의 혈통 phylo_group_per_covg species_per_covg lineage_per_covg phylo_group_depth species_depth lineage_depth 감수성 변형 (유전자 : alt_depth : wt_depth : conf의) 유전자 (prot_mut-ref_mut : percent_covg : 깊이)

-1 result_TB 플레이트 샘플 NA