Mykrobe 예측 자 AMR 예측이 작동하지 않습니다.

AMR 예측을 명령 줄에서 실행할 때 다음 오류 메시지가 표시됩니다. 샘플 데이터 파일이 Mykrobe 웹 사이트 (https://github.com/iqbal-lab/Mykrobe-predictor/releases/download/v0.1.1-beta/demo_input_file_for_M.tuberculosis_app.fastq.gz)에서 풀다운 반면 선택Mykrobe 예측 자 AMR 예측이 작동하지 않습니다.

mykrobe predict tb_sample_id tb -1 /home/TB/demo_input_file_for_M.tuberculosis_app.fastq

종은, 결핵 (TB)이었다. 어떤 제안을 감상 할 수있다

Traceback (most recent call last): 
    File "/usr/local/bin/mykrobe", line 9, in <module> 
    load_entry_point('mykrobe==0.4.2', 'console_scripts', 'mykrobe')() 
    File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykrobe/mykrobe_predictor.py", line 99, in main 
    args.func(parser, args) 
    File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykrobe/mykrobe_predictor.py", line 32, in run_subtool 
    run(parser, args) 
    File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykrobe/cmds/amr.py", line 127, in run 
    cp.run() 
    File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykatlas/typing/typer/genotyper.py", line 73, in run 
    self._run_cortex() 
    File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykatlas/typing/typer/genotyper.py", line 90, in _run_cortex 
    self.mc_cortex_runner.run() 
    File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykatlas/cortex/mccortex.py", line 161, in run 
    self._run_cortex() 
    File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykatlas/cortex/mccortex.py", line 173, in _run_cortex 
    self._build_panel_binary_if_required() 
    File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/mykatlas/cortex/mccortex.py", line 190, in _build_panel_binary_if_required 
    subprocess.check_output(cmd) 
    File "/usr/local/lib/python2.7/subprocess.py", line 566, in check_output 
    process = Popen(stdout=PIPE, *popenargs, **kwargs) 
    File "/usr/local/lib/python2.7/subprocess.py", line 710, in __init__ 
    errread, errwrite) 
    File "/usr/local/lib/python2.7/subprocess.py", line 1335, in _execute_child 
    raise child_exception 
OSError: [Errno 2] No such file or directory

및 오류 메시지가 나는군요 ....

출처

2016-09-30 Yi-Ting Liu

저는 Mykrobe 예측 인자의 저자 중 한 명입니다. 누군가가 위의 댓글을 달았습니다,이 질문을 물어 아마 적당한 장소는 우리 Mykrobe 예측 저장소에 Github의 문제로이다 :

https://github.com/iqbal-lab/Mykrobe-predictor/issues

이 문제를 제기 주시기 바랍니다. `수출 PATH = $의 PATH : $ (PWD)을/bin` 다시 감사 수출 경로를 설정하는 방법

출처

2016-10-28 16:56:24 user1213546

오류는 mccortex31이 없음을 나타냅니다.

documentation에 따라 설치 했습니까?

cd Mykrobe-predictor 
cd mccortex 
make  
export PATH=$PATH:$(pwd)/bin 
cd ..

출처

2016-09-30 15:56:35

다음 명령을 사용합니다. –

Linux 쉘을 열고 명령을 한 줄씩 붙여 넣기 만하면됩니다. 또는 다음과 같이 경로를 지정할 수 있습니다 :'mykrobe predict --mccortex31_path/path/to/mmcortex/bin/mccortex31 tb_sample_id tb -1 demo_input_file_for_M.tuberculosis_app.fastq' –

아래의 지침을 사용할 때 작동하는 것 같습니다. 'mykrobe predict --mccortex31_path ./mccortex31 -t 10 tb_sample_id tb -1 demo_input_file_for_M.tuberculosis_app.fastq' 그러나 내 nohup.out 파일에 경고가 있습니다. '[seq_reader.c : 277] 경고 : 입력 파일의 최소 품질 점수는 59이지만 qoffset은 33으로 설정되어 있습니다. demo_input_file_for_M.tuberculosis_app.fastq 잘못된 fastq 오프셋을 미리 정의 했습니까? 아니면 cortex가 잘못 추측 했습니까? ' btw, nohup.out 파일 대신 JSON/테이블 형식 파일을 내보낼 수 있습니까? 불편을 끼쳐 드려 죄송합니다. –

Mykrobe 예측 자 AMR 예측이 작동하지 않습니다.

답변

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