1보다 작은 필드를 바꾼 다음 1보다 큰 값으로 행을 필터링하십시오.

Question

저는 오랫동안 가지고있는 일부 CSV 파일을 필터링하려고했습니다. 내 스크립트가 왜 작동하지 않는지 알 수 없기 때문에 거의 직접 해보았습니다. 너희들이 내가 뭘 잘못하고 있는지 알아낼 수 있기를 바란다.

나는 다음과 같은 파일이 : csv file

나는 다음과 같은 나오지도 스크립트를 사용하여 1보다 작은 값을 대체 할 수 있어요

: 다음 단계에서

sed -e 's/[0][0-9]*\.[0-9]*/0/g' genes.csv > genes-filtered1.csv 

을 내가 모두 제거 할 것인지를 모두 0 인 행 그러나 적어도 하나의 열에 1보다 큰 값이 있으면 계속 유지하려고합니다. 여러 스크립트를 시도했지만 작동하지 않습니다.

여기에 그들 중 일부입니다 :

awk '{ if ($2 > 1 || $3 > 1 || $4 > 1 || $5 > 1 || $6 > 1 || $7 > 1 || $8 > 1 || $9 > 1 || $10 > 1 || $11 > 1 || $12 > 1 || $13 > 1) print $0 }' genes-filtered1.csv > genes-filtered2.csv 

또는 하나의 열을 사용하여 임계 값을 기준으로 필터링하려고 : 나는 또한 시도

threshold=1 
awk -v threshold=$threshold '$3 > threshold' genes-filtered1.csv > genes-filtered2.csv 

:

awk '{ for (i=2; i<=NF; i++) { if ($i != 0) { print; next } } }' genes-filtered1.csv > genes-filtered2.csv 

마지막으로 나는 시도했다 :

awk '{for (i=2;i<=NF;i++) if ($i>=1){print $0;next}}' genes-filtered1.csv > genes-filtered2.csv 

출력 파일이 비어 있거나 원본 파일과 동일하지 않은 것이 문제입니다. 어떤 제안이든 그것을 고칠 수있는 방법을 고맙게 생각합니다. 또한 sed 명령으로 awk 명령을 수행 한 다음 모두 0으로 줄을 제거 할 수 있습니까? 감사합니다.

Answer 1

awk ' 
BEGIN{ FS=OFS="," } 
NR > 1 { 
    allZeros = 1 
    for (i=2; i<=NF; i++) { 
     if ($i < 1) { 
      $i = 0 
     } 
     else { 
      allZeros = 0 
     } 
    } 
} 
!allZeros 
' file 

Answer 2

awk을 사용할 때 실제로는 sed을 사용할 필요가 없습니다. 다음 솔루션은 하나의 필드가 1보다 큰 경우 플래그 f을 활성화합니다. 플래그가 true의 경우 우리는 다시 필드를 반복하고 10보다는 모든 값을 덜 변환 :

awk ' 
BEGIN { FS = OFS = "," }   # Set input and output field separator to , 
{ 
    for (i=2; i<=NF; i++) 
     if ($i >= 1) { f = 1 } # Enable a flag when any one field is greater than 1 
} 
f { 
    for (i=2; i<=NF; i++) { 
     $i = ($i < 1 ? 0 : $i) # If the flag is true convert values < 1 to 0 
    } 
    f = 0;      # Set the flag to false 
    print      # Print the line 
}' file