2012-04-19 5 views
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상관 계수 행렬 R 및 부분 상관 계수 행렬 Rp를 얻었습니까. 그러면 R에서 Gaussian 그래픽 모델을 어떻게 그릴 수 있습니까?Gaussian 그래픽 모델을 그리는 방법 R

Gaussian 그래픽 모델에 대한 일부 서적을 추천하는 것이 좋을지 모르겠지만 실제로 무엇인지는 모르겠지만 가장 먼저해야 할 일은 그것을 꺼내는 것입니다. 많은 감사합니다!

#the Correlation coefficient matrix 
R=c(1,0.55,0.55,0.41,0.39,0.55,1,0.61,0.49,0.44,0.55,0.61,1,0.71, 
0.66,0.41,0.49,0.71,1,0.61,0.39,0.44,0.66,0.61,1) 
dim(R)=c(5,5) 

#the Partial correlation coefficient matrix 
library("corpcor") 
Rp=cor2pcor(R) 

그러면 가우스 그래픽 모델을 어떻게 그릴 수 있습니까?

답변

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해당 그래프를 플롯하려면 igraph 패키지를 사용할 수 있습니다.

library(igraph) 
g <- graph.adjacency(abs(Rp)>.1, mode="undirected", diag=FALSE) 
plot(g, layout=layout.fruchterman.reingold) 
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왜 abs (Rp)> 1입니까? – PepsiCo

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그렇지 않으면 항상 완벽한 그래프를 얻을 수 있습니다. 또는 Sacha의 답처럼 상관 관계가 낮을 때 더 희미한 색을 사용할 수 있습니다. –

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"가우스 그래픽 모델"에 익숙하지 않습니다.

그러나 (부분) 상관 행렬을 시각화하려면 qgraph 패키지를 사용하면됩니다. 예를 들어 : 부분적인 상관 관계를 계산

library("qgraph") 
qgraph(round(Rp,5),edge.labels=TRUE) 

enter image description here

는 인수에 내장되어 있습니다 :

qgraph(round(R,5),edge.labels=TRUE,graph="concentration") 

동일한 결과를 제공합니다.

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패키지 "qgraph"를 얻지 못했습니다 : library.dynam (lib, package, package.lib)의 오류 : DLL'plyr이 필요합니다. – PepsiCo

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CRAN을 통해 설치하면'plyr '도 자동으로 설치해야합니다. 'install.packages ("qgraph", dep = TRUE)'. R 버전이 최신 버전인지 확인하십시오 (2.15). –

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