Jupyter Notebook의 Biopython? Windows 7

Question

저는 이미 파이썬 버전 3.6을 윈도우와 아나콘다에 설치했습니다. Jupyter Notebook의 코드에 Biopython 패키지를 사용하고 싶습니다.

conda install -c anaconda biopython=1.68 

아래 코드를 실행하려면 제대로 작동하지 않습니다. fasta는 시퀀스가 ​​포함 된 파일 일뿐입니다.

from Bio import SeqIO 
handle = open("Q1.fasta") 
record_iterator = SeqIO.parse(handle, "fasta") 
seq1_20 = record_iterator.next() 
seq2_20 = record_iterator.next() 
seq3_20 = record_iterator.next() 
seq1_100 = record_iterator.next() 
seq2_100 = record_iterator.next() 
handle.close() 
print seq1_20 
print seq2_20 
print seq3_20 
print seq1_100 
print seq2_100 

이 출력하는 시퀀스를해야하지만, 그것은 말한다 :

AttributeError        
Traceback (most recent call last) 
<ipython-input-4-d5af48173555> in <module>() 
    2 handle = open("Q1.fasta") 
    3 record_iterator = SeqIO.parse(handle, "fasta") 
----> 4 seq1_20 = record_iterator.next() 
    5 seq2_20 = record_iterator.next() 
    6 seq3_20 = record_iterator.next() 
AttributeError: 'generator' object has no attribute 'next' 

가, 누군가가 나이 나갈 도와주세요!

Answer 1

문제는 예제 코드가 Python 2에서만 작동한다는 것입니다.

파이썬 3은 이터레이터 클래스에서 .next() 메서드를 사용하지 않았으므로 대신 내장 함수 next(...) (파이썬 2.6 이상에서 사용 가능)을 사용해야합니다.

대신 next(record_iterator)을 시도하십시오.