Blast 검색에 더 오랜 시간이 걸립니다.

Question

이 링크를 참조하고 있습니다 : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK52637/, 단일 컴퓨터에서 blast 검색을 시도하십시오. NCBI 웹 사이트에서 blast app 및 refseq_rna blast 데이터베이스를 다운로드했습니다. 폭발 검색은 결과를 얻는데 몇 초 밖에 걸리지 않습니다. 블래스트 데이터베이스에서 블래스트 검색이 일치하는 시퀀스를 검색하는 데 더 많은 시간을 할애 할 수있는 방법이 있는지 물어보고 싶습니다.

Answer 1

BLAST는 경험적이며 실제로는 빠르게 설계되었습니다. 또한 NCBI 인터페이스의 일부 결과가 미리 계산됩니다. 왜이 프로세스가 오래 걸릴지 상상할 수 없지만 Smith-Waterman 정렬 알고리즘을 실행 해 볼 수 있습니다. 그러면 최적의 일치 항목을 찾아 큰 데이터베이스에서 BLAST보다 훨씬 오래 걸릴 것입니다.

Answer 2

아마 당신은 우리가 왜 천천히 그것을 원한다고 말할 수 있습니다!?

그러나 가치가있는 경우 -W 옵션을 사용하여 단어 크기를 줄이십시오.