RPy2 및 Bioconductor : 유전자 발현 예

Question

저는 Rpy2를 사용하여 Bioconductor에서 고전적인 유전자 발현 example을 수행하는 방법을 알아 내려고하고 있습니다. 데이터를 어떻게로드합니까? R에서 우리가 할 : 파이썬에서

> library('ALL') 
> library('limma') 
> data('ALL') 

는 우리가 할 : 패키지 데이터가 어디 있는지 예를 볼 수 없습니다

> data('ALL') ?? 

:의 파이썬 해당 작업을 수행하는 방법에

>>> import rpy2.robjects as robjects 
>>> from rpy2.robjects.packages import importr 
>>> base = importr('base') 
>>> ALL = importr('ALL') 

확장 프로그램의 문서에로드됩니다. 나는이 그것을 할 수 있다고 생각하지만 featureNames에 공급 때 signature "character"을 가지고 있기 때문에 데이터를하지 않을 권리 클래스의 것 같습니다 :

>>> data = robjects.r('data(ALL)') 
>>> data.rclass 
<rpy2.rinterface.SexpVector - Python:0x1004b3828/R:0x10376d558> 
>>> featureNames = robjects.r('featureNames') 
>>> featureNames(data) 
Error in function (classes, fdef, mtable) : 
    unable to find an inherited method for function "featureNames", for signature "character" 
Traceback (most recent call last): 
    File "<stdin>", line 1, in <module> 
    File "/Library/Python/2.6/site-packages/rpy2-2.2.2dev_20110818-py2.6-macosx-10.6-universal.egg/rpy2/robjects/functions.py", line 82, in __call__ 
    return super(SignatureTranslatedFunction, self).__call__(*args, **kwargs) 
    File "/Library/Python/2.6/site-packages/rpy2-2.2.2dev_20110818-py2.6-macosx-10.6-universal.egg/rpy2/robjects/functions.py", line 34, in __call__ 
    res = super(Function, self).__call__(*new_args, **new_kwargs) 
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in function (classes, fdef, mtable) : 
    unable to find an inherited method for function "featureNames", for signature "character" 

업데이트 : 내가 지금 생각 :

>>> import rpy2.robjects as robjects 
>>> from rpy2.robjects.packages import importr 
>>> base = importr('base') 
>>> ALL = importr('ALL') 
>>> data = robjects.r('data(ALL)') 
>>> data.rclass 
<rpy2.rinterface.SexpVector - Python:0x258b190/R:0xdf86c8> 
>>> data = robjects.globalenv['ALL'] 
>>> data 
<RS4 - Python:0x2591490/R:0x29a2134> 
>>> data.rclass 
<rpy2.rinterface.SexpVector - Python:0x258b3b0/R:0xdf85c8> 
>>> featureNames = robjects.r('featureNames') 
>>> featureNames(data) 
<StrVector - Python:0x23e4f08/R:0x304fc00> 
['1000..., '1001..., '1002..., ..., 'AFFX..., 'AFFX..., 'AFFX...] 
>>> exprs = robjects.r['exprs'] 
>>> e = exprs(data) 
>>> e 
<Matrix - Python:0x23b2da0/R:0x84d8000> 
[7.597323, 5.046194, 3.900466, ..., 3.095670, 3.342961, 3.842535] 
>>> 

Answer 1

이를 문제는 Python 패키지에 포함되어야합니다. bioconductor extensions to rpy2