Snakemake : 여러 파일에서 BWA를 실행할 때 CalledProcessError

Question

각 게놈에 정렬하려는 .fastq 파일을 포함하는 여러 개의 하위 폴더가 있습니다. 나는 그것을위한 snakemake 작업 흐름을 만들려고 노력하고있다. 먼저 와일드 카드를 사용하여 각 하위 디렉토리와 파일에 액세스합니다. 그런 다음 확장 기능을 사용하여 파일에 대한 모든 경로를 저장하고 파일을 게놈에 매핑하는 규칙을 작성합니다. 다음과 같이 코드는 다음과 같습니다

Error in job bwa_map while creating output files data/results/SRR5923/A.bam, data/results/SRR5924/B.bam, data/results/SRR5925/C.bam. 
RuleException: 
CalledProcessError in line 19 of /Users/rewatitappu/PycharmProjects/RNA-seq_Snakemake/Snakefile: 
Command './bwa mem data/genome.fa data/samples/SRR5923/A.fastq data/samples/SRR5924/B.fastq data/samples/SRR5925/C.fastq | ./samtools sort -o - > data/results/SRR5923/A.bam data/results/SRR5924/B.bam data/results/SRR5925/C.bam' returned non-zero exit status 1. 
    File "/Users/rewatitappu/PycharmProjects/RNA-seq_Snakemake/Snakefile", line 19, in __rule_bwa_map 
    File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/python3.6/concurrent/futures/thread.py", line 55, in run 
Removing output files of failed job bwa_map since they might be corrupted: 
data/results/SRR5923/A.bam 
Will exit after finishing currently running jobs. 

내가 잘못 snakemake 명령을 실행하거나이있을 수 있습니까 :

from snakemake.io import glob_wildcards, expand 
    import sys 
    import os 

    directories, files = glob_wildcards("data/samples/{dir}/{file}.fastq") 
    print(directories, files) 

    rule all: 
     input: 
      expand("data/samples/{dir}/{file}.fastq", zip, dir=directories, 
    file=files) 

    rule bwa_map: 
     input: 
      G = "data/genome.fa", 
      r1 = expand("data/samples/{dir}/{file}.fastq", zip, 
    dir=directories, file=files) 
     output: 
      r2 = expand("data/results/{dir}/{file}.bam", zip, dir=directories, 
    file=files) 
     shell: 
      "./bwa mem {input.G} {input.r1} | ./samtools sort -o - > {output.r2}" 

을 그러나, 나는 "snakemake bwa_map"로이 코드를 실행할 때, 나는 다음과 같은 오류가 발생합니다 코드에 문제가 있습니까?

Answer 1

오류 메시지는 오류가 다음과 같은 쉘 명령의 실행에서 발생 제안 :

./bwa mem data/genome.fa data/samples/SRR5923/A.fastq data/samples/SRR5924/B.fastq data/samples/SRR5925/C.fastq | ./samtools sort -o - > data/results/SRR5923/A.bam data/results/SRR5924/B.bam data/results/SRR5925/C.bam 

문제는 사용자가 출력으로 두 개의 빵 파일을 가지고 있다는 사실에 의해 발생할 수 있습니다.

은 bwa_map 규칙에 사용하면 안됩니다. 확장은 이미 all 규칙에서 수행되었습니다.