for 루프로 파이썬 계산 뉴클레오티드

Question

나는 입력 파일에서 DNA 서열을 취하여 루프를 사용하여 개별 A의 T 's C 's와 G 's의 수를 세고, "ATCG"가 아닌 문자가 있다면 I 예를 들어 내 입력 파일이 "오류"를 인쇄해야합니다

Seq1 AAAGCGT Seq2 금주 모임 tGcGt의 t Seq3 AF GtgA cCTg

I가 함께 왔어요 코드 :

acount = 0 
ccount = 0 
gcount = 0 
tcount = 0 
for line in input: 
     line=line.strip('\n') 
     if line[0] == ">": 
       print line + "\n" 
       output.write(line+"\n") 
     else: 
       line=line.upper() 
       list=line.split() 
       for list in line: 

         if list == "A": 
           acount = acount + 
           #print acount 
         elif list == "C": 
           ccount = ccount + 
           #print ccount 

         elif list == "T": 
           tcount = tcount + 
           #print tcount 
         elif list == "G": 
           gcount=gcount +1 
           #print gcount 
         elif list != 'A'or 'T' or 'G' or 'C': 
           break 

그래서 각 줄에 총계가 있어야하지만 내 코드는 전체 파일에 대해 A의 T 's 등을 합산합니다. 내 출력이 원하는 뭔가

같은 Seq1 : 총 A의 3 총 C의 : 등 각 시퀀스.

달성을 위해 내 코드를 해결하기 위해 할 수있는 아이디어가 있습니까?

import re 

def countNucleotides(filePath): 
    aCount = [] 
    gCount = [] 
    cCount = [] 
    tCount = [] 
    with open(filePath, 'rb') as data: 
     for line in data: 
      if not re.match(r'[agctAGCT]+',line): 
       break 
      aCount.append(notCount(line,'a')) 
      gCount.append(notCount(line,'g')) 
      cCount.append(notCount(line,'c')) 
      tCount.append(notCount(line,'t')) 

def notCount(line, character): 
    appearances = 0 
    for item in line: 
     if item == character: 
      appearances += 1 
    return appearances 

당신은 그러나 인쇄 할 수 있습니다 당신은 그 후 싶습니다

Answer 1

나는이 라인을 따라 뭔가를 제안합니다.