Mopyia에서 Biopython 빌드 오류가 발생했습니다.

Question

Biopython 1.61을 설치하려고합니다. 나는 bash 터미널에 루트로 로그인했다. 저는 Mageia 2.0을 사용하고 있으며 OS의 모든 패키지/프로그램을 업데이트했습니다 (urpmi update -a).

난 다음, 소스를 추출 두 가지 오류했다 python setup.py build, 실행 :

FAIL: test_protein_16130152 (test_SeqIO_online.EntrezTests) 
Bio.Entrez.efetch(protein, 16130152, ...) 
---------------------------------------------------------------------- 
Traceback (most recent call last): 
    File "test_SeqIO_online.py", line 77, in <lambda> 
    method = lambda x : x.simple(d, f, e, l, c) 
    File "test_SeqIO_online.py", line 65, in simple 
    self.assertEqual(seguid(record.seq), checksum) 
AssertionError: 'NT/aFiTXyD/7KixizZ9sq2FcniU' != 'fCjcjMFeGIrilHAn6h+yju267lg' 

====================================================================== 
ERROR: test_doctests (test_Tutorial.TutorialTestCase) 
Run tutorial doctests. 
---------------------------------------------------------------------- 
Traceback (most recent call last): 
    File "test_Tutorial.py", line 152, in test_doctests 
ValueError: 4 Tutorial doctests failed: test_from_line_05671, test_from_line_06030, test_from_line_06190, test_from_line_06479 

가 그럼 난 python setup.py install 실행을하지만, 역시 실패했습니다. 파이썬을 ( urpmi install lib64python-devel)와 gcc으로 업데이트했지만, 이미 업데이트되었습니다.

[root@localhost biopython-1.61]# python setup.py install 
running install 
running build 
running build_py 
warning: build_py_biopython: byte-compiling is disabled, skipping. 

running build_ext 
building 'Bio.Cluster.cluster' extension 
gcc -pthread -fno-strict-aliasing -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -I/usr/include/ncursesw -DNDEBUG -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -g -fPIC -I/usr/lib64/python2.7/site-packages/numpy/core/include -I/usr/include/python2.7 -c Bio/Cluster/clustermodule.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/Bio/Cluster/clustermodule.o 
Bio/Cluster/clustermodule.c:2:31: fatal error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory 
compilation terminated. 
error: command 'gcc' failed with exit status 1 

Answer 1

단위 테스트 실패가 바이오 파이썬 자체가 수정되었습니다

이

내가 python setup.py install에서 얻을 오류입니다.

numpy-dev 또는 numpy-devel과 같은 별도 패키지의 OS 패키지 관리자에 포함되어있는 NumPy 헤더 파일이 누락되었다는 오류가 발생했습니다.