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엔테로프 플롯을 만들려고합니다. 나는 http://enterotype.embl.de/enterotypes.html을 팔로우하고 있습니다. 내 질문에 어떻게 색을 s.class 수 있습니다. 시도했지만Enterotype PCA 플롯
points(obs.bet$ls[,xax], obs.bet$ls[,yax], col=rainbow(length(unique(design$BF))),cex=1,pch=16)
하지만 요인에 대한 색상이 올바르지 않습니다. 이 링크에서 그리고 하나 더 질문 데이터 k=3 클러스터를 사용했다하지만 난 k=2을 사용하고 싶지만 나는 응답을 기대 error.Looking
감사를 얻고있다!
질문을 재현 가능하게 만드십시오. 어떤 패키지가 호출되고 있습니까? 어떤 데이터 세트? 코드 줄 앞에 어떻게 조작합니까? 예상되는 결과는 무엇입니까? 또한 게시물 당 하나의 질문을 유지하십시오. –
답장을 보내 주셔서 감사합니다. 나는 속 (genus) 수준의 풍부한 데이터로 작업 중이다. # 호출 된 패키지는 clusterSim과 ade4입니다. 1. Jensen-Shannon을 사용하여 파일을 읽은 후 샘플을 클러스터링합니다. 'data.dist = dist.JSD (data)'2. 다음으로 Partitioning around 메도 이드 함수는 풍부한 프로파일을 클러스터링합니다. 'data.cluster = pam.clustering (data.dist, k = 3)'#### k = 2 일 때 첫 번째 오류 'obs.pca = dudi.pca (data.frame ((data)), scannf = F, nf = 10)''obs.bet = bca (obs.pca, fac = as.factor (data.cluster), scannf = F, nf = k-1)'### k = 2이면 두 번째 오류 – user3252863
's.class (obs.bet $ ls, fac = as.factor (data.cluster), col = 무지개 (k), grid = F, pch = 16) points (obs.bet $ ls [, xax] , obset $ ls [, yax], col = 무지개 (길이 (unique $ design)), cex = 1, pch = 16)'##### 샘플을 채색하지 않는 세 번째 오류/버그 요인 의미 $ 성별 – user3252863