정의 된 함수는 python2.7에서 for 루프로 사용됩니다.

Question

파이썬 스크립트에 어떤 문제가 있습니까?

from BeautifulSoup import BeautifulSoup 
import requests 
import re 
from collections import defaultdict 
import itertools 
import pandas as pd 

def wego(weburl,annot): 
    print 'Go Term: ', weburl.split('=')[-1] 
    html=requests.get(weburl).text 
    soup=BeautifulSoup(html) 
    desc=r"desc=\".*\"" 
    print "GO leave 2 term:",(re.findall(desc,str(soup))[0].split('"')[1]) 
    pattern=r"Unigene.*A" 
    idDF = pd.DataFrame(columns=['GeneID']) #creates a new datafram 
    idDF['GeneID'] = pd.Series(re.findall(pattern,str(soup))).unique() 
    print "Total Go term is :",idDF.shape[0] 
    old=pd.read_csv(annot,usecols=[0,7,8]) 
    getset=pd.merge(left=idDF,right=old,left_on=idDF.columns[0],\ 
    right_on=old.columns[0]) 
    updown=getset.groupby(getset.columns[1]).count() 
    print updown 
    print "Max P-value: ","{:.3e}".format(getset['P-value'].max()) 

with open("gourl.txt") as ur: 
    d=[] 
    for url in ur: 
    we=wego(url,annot="file.csv") 
    d.append(we) 

내 gourl.txt 파일은 내 질문에 스크립트가 성공할 수있는 이유 중 하나

http://stackoverflow.com/questions=1 
http://stackoverflow.com/questions=2 

에 의해 일부 URL을 한 줄 때 gourl.txt 파일에 하나 개의 URL을 때 실패 하나 이상?

오류는 다음과 같습니다 당신이 우리에게 준 스택 추적을 보면

IndexError: list index out of range 
IndexErrorTraceback (most recent call last) 
<ipython-input-79-a852fe95d69c> in <module>() 
    2  d=[] 
    3  for url in ur: 
----> 4   we=wego(url,annot="file.csv") 
    5   d.append(we) 
<ipython-input-4-9fdf25e75434> in wego(weburl, annot) 
    5  soup=BeautifulSoup(html) 
    6  desc=r"desc=\".*\"" 
----> 7  print "GO leave 2 term:",(re.findall(desc,str(soup)) 
[0].split('"')[1]) 
    8  pattern=r"Unigene.*A" 
    9  idDF = pd.DataFrame(columns=['GeneID']) #creates a new dataframe 
IndexError: list index out of range 

Answer 1

당신이 답을 볼 수 있습니다. 마지막 줄은 당신이 당신은이 목록이 줄에 액세스 할

print "GO leave 2 term:",(re.findall(desc,str(soup))[0].split('"')[1]) 

에서 ('범위를 벗어난') 존재하지 않는 목록 요소에 액세스하려고하는 것을 말한다. 하나는 첫 번째 일치 패턴을 얻고 다른 하나는 split('"')에 의해 생성 된 두 번째 용어를 얻습니다.

아마도 두 번째 URL에는 예상되는 패턴이 없을 것입니다. 질문이 솔루션을

matches = re.findall(desc, str(soup)) 
tokens = [] 
if matches: 
    tokens = matches[0].split('"') 
if len(tokens) > 1: 
    print("GO leave 2 term:", tokens[1]) 

Answer 2

그래서 행복 것을 :

는이 같은 것을 사용할 수 있습니다. 문제는 \ gourl.txt 파일을 읽을 때 발생합니다. 다음과 같이 표시됩니다 :

>>> with open("wegourl.txt") as ur: 
...  d=[] 
...  for url in ur: 
...   print url 
...   

http://stackoverflow.com/questions=1 

http://stackoverflow.com/questions=2 

의심 할 여지없이, 줄 바꿈으로 인한 빈 줄은 잘못된 URL이 아니며이 스크립트를 방해합니다. 파일을 읽을 때 \ n을 지울 수 있습니다 : url=url.strip('\n')