상관 관계 Corrplot 구성

Question

나는 상관 행렬을 구축 할 필요 I'am 패키지를 corrplot 사용하고있는 graph.I에 적응하는 몇 가지 매개 변수를 configurate하려고

:-) R 스크립트에 초보자입니다. 내가 내장 컬러 매트릭스 안에 .. 내가 낮은 매트릭스에 상관 값을 표시해야합니다

corrplot(cor(d1[,2:14], d1[,2:14]), method=c("color"), 
     bg = "white", addgrid.col = "gray50", 
     tl.cex=1, type="lower", tl.col = "black", 
     col = colorRampPalette(c("red","white","blue"))(100)) 

:

은 내가 corrplot 행렬이 길을 내장. 내가 어떻게 할 수 있니?

아래쪽 행렬에서 주 대각선을 제외 할 수 있습니까? 이 diagonla에서 항상 우리는 내가 대신 사각형의 별을 사용하여 상관 관계에 대한 중요한 값을 표시 싶어 ..

다른 의심 :-) 완벽한 상관 관계를 가지고있다. 처럼 (*, , *). 가능한가?

저를 도울 수 있습니까? 해커의 비트와

Answer 1

당신은 corrgram, 매우 유사한 R 패키지에서이 작업을 수행 할 수 있습니다. 이 기능을 사용하면 자신 만의 패널 기능을 손쉽게 정의 할 수 있으며, 템플릿으로 쉽게 표시 할 수 있습니다.

set.seed(42) 
library(corrgram) 

# This panel adds significance starts, or NS for not significant 
panel.signif <- function (x, y, corr = NULL, col.regions, digits = 2, cex.cor, 
          ...) { 
    usr <- par("usr") 
    on.exit(par(usr)) 
    par(usr = c(0, 1, 0, 1)) 
    results <- cor.test(x, y, alternative = "two.sided") 
    est <- results$p.value 
    stars <- ifelse(est < 5e-4, "***", 
        ifelse(est < 5e-3, "**", 
         ifelse(est < 5e-2, "*", "NS"))) 
    cex.cor <- 0.4/strwidth(stars) 
    text(0.5, 0.5, stars, cex = cex.cor) 
} 

# This panel combines edits the "shade" panel from the package 
# to overlay the correlation value as requested 
panel.shadeNtext <- function (x, y, corr = NULL, col.regions, ...) 
{ 
    if (is.null(corr)) 
    corr <- cor(x, y, use = "pair") 
    ncol <- 14 
    pal <- col.regions(ncol) 
    col.ind <- as.numeric(cut(corr, breaks = seq(from = -1, to = 1, 
               length = ncol + 1), include.lowest = TRUE)) 
    usr <- par("usr") 
    rect(usr[1], usr[3], usr[2], usr[4], col = pal[col.ind], 
     border = NA) 
    box(col = "lightgray") 
    on.exit(par(usr)) 
    par(usr = c(0, 1, 0, 1)) 
    r <- formatC(corr, digits = 2, format = "f") 
    cex.cor <- .8/strwidth("-X.xx") 
    text(0.5, 0.5, r, cex = cex.cor) 
} 

# Generate some sample data 
sample.data <- matrix(rnorm(100), ncol=10) 

# Call the corrgram function with the new panel functions 
# NB: call on the data, not the correlation matrix 
corrgram(sample.data, type="data", lower.panel=panel.shadeNtext, 
     upper.panel=panel.signif) 

는 주로 패키지에서 함께 기능을 패치 것 같이 코드는 매우 깨끗 아니지만, 그것은 당신에게 줄거리를 얻을 수있는 좋은 출발을한다 : 여기에 생성 코드와 그림 일부입니다 네가 원해. 아마도 corrplot 패키지로 비슷한 접근법을 취할 수도 있습니다.

갱신 :

panel.shadeNtext <- function (x, y, corr = NULL, col.regions, ...) 
{ 
    corr <- cor(x, y, use = "pair") 
    results <- cor.test(x, y, alternative = "two.sided") 
    est <- results$p.value 
    stars <- ifelse(est < 5e-4, "***", 
        ifelse(est < 5e-3, "**", 
         ifelse(est < 5e-2, "*", ""))) 
    ncol <- 14 
    pal <- col.regions(ncol) 
    col.ind <- as.numeric(cut(corr, breaks = seq(from = -1, to = 1, 
               length = ncol + 1), include.lowest = TRUE)) 
    usr <- par("usr") 
    rect(usr[1], usr[3], usr[2], usr[4], col = pal[col.ind], 
     border = NA) 
    box(col = "lightgray") 
    on.exit(par(usr)) 
    par(usr = c(0, 1, 0, 1)) 
    r <- formatC(corr, digits = 2, format = "f") 
    cex.cor <- .8/strwidth("-X.xx") 
    fonts <- ifelse(stars != "", 2,1) 
    # option 1: stars: 
    text(0.5, 0.4, paste0(r,"\n", stars), cex = cex.cor) 
    # option 2: bolding: 
    #text(0.5, 0.5, r, cex = cex.cor, font=fonts) 
} 

# Generate some sample data 
sample.data <- matrix(rnorm(100), ncol=10) 

# Call the corrgram function with the new panel functions 
# NB: call on the data, not the correlation matrix 
corrgram(sample.data, type="data", lower.panel=panel.shadeNtext, 
     upper.panel=NULL) 

는 또한 주석, 임계 값 아래에 거 굵은 그 중요성을 보여주는 또 다른 방법이다 : 여기에 같은 삼각형 별과 오호있는 버전이다 별을 사용하는 것보다. 당신이 보여주고 싶은 것에 따라 그 방법이 더 명확해질 수 있습니다.