Biopython/EMBOSS WindowsError [오류 2]

EMBOSS 용 biopython 래퍼를 사용하여 약 100 개의 매우 긴 (> 8000 시퀀스) 시퀀스를 로컬로 정렬하려고합니다.Biopython/EMBOSS WindowsError [오류 2]

필자는 기본적으로 내 fasta 파일의 각 시퀀스를 해당 fasta 파일의 다른 모든 시퀀스와 로컬로 정렬해야합니다. 지금까지 나는 아래의 아주 기본적인 코드를 실행하는 것을 시도했다 :

from Bio.Emboss.Applications import NeedleCommandline 
from Bio import AlignIO 

seq_fname1 = 'gross-alignment.fasta' 
seq_fname2 = 'gross-alignment.fasta' 
needle_fname = 'pairwise_output.txt' 
needle_cli = NeedleCommandline(asequence=seq_fname1, \ 
           bsequence=seq_fname2, \ 
           gapopen=10, \ 
           gapextend=0.5, \ 
           outfile=needle_fname) 

"""This generates the needle file""" 
needle_cli() 
"""That parses the needle file, aln[0] and aln[1] contain the aligned 
first and second sequence in the usual format (e.g. - for a gap)""" 
aln = AlignIO.read(needle_file, "emboss") 
print aln

을하지만 그렇게 할 때 나는 다음과 같은 오류가 발생합니다 :

C:\WINDOWS\system32\cmd.exe /c (python ^<C:\Users\User\AppData\Local\Temp\VIiAAD1.tmp) Traceback (most recent call last): File "<stdin>", line 14, in <module> File "C:\Python27\lib\site-packages\Bio\Application\__init__.py", line 495, in __call__ shell=use_shell) File "C:\Python27\Lib\subprocess.py", line 711, in __init__ errread, errwrite) File "C:\Python27\Lib\subprocess.py", line 959, in _execute_child startupinfo) WindowsError: [Error 2] The system cannot find the file specified shell returned 1 Hit any key to close this window...

내가 알 수없는 어떤이의 원인 오류는 어떤 도움을 많이 주시면 감사하겠습니다.

출처

2016-07-25 Dider

당신이 바늘 _fname = 'C : \\ pairwise_output.txt'를 넣을 수 및 시도? –

@be_good_do_good 나는 당신이 제안한 것처럼 지쳤지만 똑같은 오류가 나옵니다. 나는 절대 경로를 사용하고 정확히 무엇을 가지고 복사하는 데 지쳤어. 두 번 같은 오류. – Dider

needle_cli() -> 생성하는 정확한 파일 이름은 무엇입니까? –

seq_fname1, seq_fname2에 대한 절대 경로를 사용해도됩니까? 또한, 난 당신이 의견 :)에서 대답을 이동

프롬프트 상승 된 명령이을 시도하고 희망

출처

2016-07-25 19:49:55

Biopython/EMBOSS WindowsError [오류 2]

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