파이썬에서 그래프를 매끄럽게하는 문제

Question

나는 사용하고있는 샘플링 속도로 인해 잡음이 많은 음모를 매끄럽게하려고 노력해 왔습니다. 저는 여기에서 도움말을 사용했습니다 - 주로 Plot smooth line with PyPlot ("스플라인"기능을 찾을 수는 없지만 대신 UnivarinteSpline을 사용하고 있습니다)

그러나, 나는 무엇을해도 pyplot 오류 "x and y are not of the same length" 또는 scipi.UnivariateSpline의 값이 w 인 경우 올바르지 않습니다. 이 문제를 해결하는 방법은 확실하지 않습니다. (실제로 파이썬 인이 아닙니다!) 문제를 야기하는 끝에 플로팅 비트가 있지만 코드를 첨부했습니다. (코드에서 알 수 있듯이 탭으로 구분 된 두 개의리스트) 감사 내용

import os.path 
import matplotlib.pyplot as plt 
import scipy.interpolate as sci 
import numpy as np 
def main(): 
    jcc = "0050" 
    dj = "005" 
    l = "060" 
    D = 20 
    hT = 4 * D 
    wT1 = 2 * D 
    wT2 = 5 * D 
    for jcm in ["025","030","035","040","045","050","055","060"]: 
     characteristic = "LeadersOnly/Jcm" + jcm + "/Jcc" + jcc + "/dJ" + dj + "/lambda" + l + "/Seed000" 
     fingertime1 = [] 
     fingertime2 = [] 
     stamp =[] 
     finger=[] 
     for x in range(0,2500,50): 
      if x<10000: 
       z=("00"+str(x)) 
      if x<1000: 
       z=("000"+str(x)) 
      if x<100: 
       z=("0000"+str(x)) 
      if x<10: 
       z=("00000"+str(x)) 
      stamp.append(x) 
      path = "LeadersOnly/Jcm" + jcm + "/Jcc" + jcc + "/dJ" + dj + "/lambda" + l + "/Seed000/profile_" + str(z) + ".txt" 
      if os.path.exists(path): 
       f = open(path, 'r') 
       pr1,pr2=np.genfromtxt(path, delimiter='\t', unpack=True) 
       p1=[] 
       p2=[] 
       h1=[] 
       h2=[] 
       a1=[] 
       a2=[] 
       finger1 = 0 
       finger2 = 0 
       for b in range(len(pr1)): 
        p1.append(pr1[b]) 
        p2.append(pr2[b]) 
       for elem in range(len(pr1)-80): 
        h1.append((p1[elem + (2*D)]-0.5*(p1[elem]+p1[elem + (4*D)]))) 
        h2.append((p2[elem + (2*D)]-0.5*(p2[elem]+p2[elem + (4*D)]))) 
        if h1[elem] >= hT: 
         a1.append(1) 
        else: 
         a1.append(0) 
        if h2[elem]>=hT:   
         a2.append(1) 
        else: 
         a2.append(0) 
       for elem in range(len(a1)-1): 
        if (a1[elem] - a1[elem + 1]) != 0: 
         finger1 = finger1 + 1 
       finger1 = finger1/2 
       for elem in range(len(a2)-1): 
        if (a2[elem] - a2[elem + 1]) != 0: 
         finger2 = finger2 + 1 
       finger2 = finger2/2 
       fingertime1.append(finger1) 
       fingertime2.append(finger2) 
       finger.append((finger1+finger2)/2) 
     namegraph = jcm 
     stampnew = np.linspace(stamp[0],stamp[-1],300) 
     fingernew = sci.UnivariateSpline(stamp, finger, stampnew) 
     plt.plot(stampnew,fingernew,label=namegraph) 
    plt.show()  

main() 

, 데이터 입력 파일 정수의 목록은 간단하다. 6 자리의 문자열 패딩과 같이 z 정의

0-th dimension must be fixed to 50 but got 300 

error          Traceback (most recent call last) 

/group/data/Cara/JCMMOTFingers/fingercount_jcm_smooth.py in <module>() 
    116 
    117 if __name__ == '__main__': 
--> 118  main() 
    119 
    120 

/group/data/Cara/JCMMOTFingers/fingercount_jcm_smooth.py in main() 
    93     #print(len(stamp)) 
    94     stampnew = np.linspace(stamp[0],stamp[-1],300) 
---> 95     fingernew = sci.UnivariateSpline(stamp, finger, stampnew) 
    96     #print(len(stampnew)) 
    97     #print(len(fingernew)) 

/usr/lib/python2.6/dist-packages/scipy/interpolate/fitpack2.pyc in __init__(self, x, y, w, bbox, k, s) 
    86   #_data == x,y,w,xb,xe,k,s,n,t,c,fp,fpint,nrdata,ier 
    87   data = dfitpack.fpcurf0(x,y,k,w=w, 
---> 88         xb=bbox[0],xe=bbox[1],s=s) 
    89   if data[-1]==1: 
    90    # nest too small, setting to maximum bound 

error: failed in converting 1st keyword `w' of dfitpack.fpcurf0 to C/Fortran array 

Answer 1

이의이 for x in range(0, 2500, 50):

• 부터 코드 비트를 분석해 보겠습니다 : 여기

  은 내가 오류 코드 중 하나입니다 0으로. 이 복수 테스트 대신 z = "{0:06d}".format(x) 또는 z = "%06d" % x과 같은 일부 체형 포맷을 실제로 사용해야합니다.

• 루프가 끝날 때 stamp은 (2500//50)=50 개의 요소를 갖습니다.

• 파일 path의 존재를 확인한 다음 열어서 읽지 만 절대로 닫지 마십시오. 더 파이썬 방법은하는 것입니다 다음 with 구문

  try: 
      with open(path,"r") as f: 
       do... 
  except IOError: 
      do something else 
  

  , 당신의 파일이 자동으로 닫힙니다.

• pr1 및 pr2은 1D 어레이 일 가능성이 높습니다. 맞습니까?

  p1 = pr1.tolist() 
  p2 = pr2.tolist() 
  

• 귀하의 목록 a1, a2이 같은 크기를 가지고 : 당신은 정말 같은 p1 및 p2 목록의 구성을 단순화 할 수 있습니다 당신은 하나 하나에 for elem in range(len(a..)-1) 루프를 결합 할 수 있습니다. np.diff 기능을 사용할 수도 있습니다. for x in range(...) 루프의 끝 부분에

• 는 finger 50 개 요소 마이너스 누락 된 파일의 수있을 것이다. 누락 된 파일의 경우 수행 할 작업을 알려주지 않으므로 stamp 및 finger 목록의 요소 수가 같지 않아서 scipy.UnivariateSpline이 (가) 충돌합니다. 쉬운 수정은 path 파일이 정의 된 경우에만 stamp 목록을 업데이트하는 것입니다 (그런 식으로 항상 요소 수는 finger입니다).

• 귀하의 stamp 및 finger 개가 최대 50 개일 수있는 경우 귀하의 stampnew 배열에는 300 개의 요소가 있습니다.두 번째 문제는 가중치 배열 (stampnew)의 크기가 입력 크기와 같아야한다는 것입니다.

• 당신은 결국 에 대해 fingernew을 묘사하려고합니다. 문제는 fingernew이 이 아니고 배열이이고 배열이 이고이 UnivariateSpline 인 것입니다. 실제 포인트를 계산해야합니다 (예 : fingernew(stamp)). plot 함수에서 사용하십시오.