Blast Python 스크립트의 두 시퀀스

Question

필자는 단백질 쌍 목록을 가지고 있으며 정렬을 위해 Smith-Waterman 프로그램에 "BLAST Two Sequences"의 속도와 정확성을 비교하고자합니다. NCBI 웹 사이트에 "Blast Two Sequences"옵션이 있지만 파이썬 스크립트에서 실행하고 싶습니다. 아마도 Biopython에는이 기능이 있습니까? Blast Two Sequences를 사용할 수 없다면 다른 버전의 Smith-Waterman을 비교할 것입니다. 그러나 이것은 흥미 진진하지 않을 것입니다. 또는, 단백질 정보 쌍을 비교하는 Bioinformatics의 훌륭한 수석 프로젝트에 대한 아이디어가 있다면 , 주저하지 말고 알려주세요! 미리 감사드립니다.

Answer 1

Chapter 7 (BLAST)의 Biopython Tutorial and Cookbook에는 원하는 것이 있어야합니다.

NCBBI 모듈은 온라인 BLAST 도구와 상호 작용할 수 있으며 Bio.Blast.Applications에는 여러 가지 다른 로컬 정렬 유틸리티가 있고 Bio.Seq 모듈에는 다른 시퀀스와 상호 작용하는 객체가 들어 있습니다.

Biopython의 documentation은 상당히 양호하며 API은 일반적으로 잘 작성되었습니다. 흥미로운 프로젝트를 찾고 있다면 Tutorial and Cookbook을 읽어 보시기 바랍니다. Biopython이 제공하는 것에 대한 좋은 개요입니다.