나는 사전 처리 된 fMRI 데이터를 Nifti 파일 형식으로 가지고 있는데 특정 뇌 영역과 관련된 굵기 값에 액세스하려고합니다. 오른쪽 앞 정충. nifti 파일에서 데이터를 가져 오기위한 많은 함수가 있다는 것을 알고 있지만 굵은 값은 말 그대로 해당 영역의 활동을 나타내는 지 확인하고 싶습니다. 그 이유는 굵게 값을 기반으로 분류를하고 싶기 때문입니다.fMRI 데이터 : MATLAB을 사용하여 특정 뇌 영역과 관련된 BOLD 값에 액세스하는 가장 좋은 방법은 무엇입니까?
SPM 관련 기능이 있으면 좋고 효율적인 방법이 있습니까?
저는 여러분이 원하는 것을 직접 수행하는 단순한 기존 Matlab 함수/도구 상자에 대해서는 알지 못합니다. 그러나 모든 요소가 있고 여러분 자신과 같은 것을 프로그램 할 수 있어야합니다.
이미지의 복셀이 속한 해부학 적 뇌 영역에 속하는 정보는 소위 애틀리스 (기본적으로 룩업 테이블)에 의해 제공됩니다. 그러한 아틀라스 중 하나는 SPM (최대 버전 8) 용으로 널리 사용되는 AAL extension에 포함되어 있습니다. AAL 도구 상자의 목적은 주어진 복셀 좌표에서 해부학 적 레이블로 변환하는 것입니다.
그러나 이것은 기본 이미지 인 "ROI_MNI_V4.nii"이며 각 보셀에 정수 코드가 포함되어 있으며이 정수 코드와 해부 학적 레이블 간 변환되는 텍스트 파일 "ROI_MNI_V4.txt"가 있습니다. 예를 들어 오른쪽 insula에는 코드 3002가 있습니다. 따라서 코드 3002가 포함 된 모든 보셀을 nifti 이미지에서 찾으면 오른쪽 insula의 모든 복셀을 마스킹하는 마스크를 얻습니다.
voxel-by-voxel 일치를 얻으려면 데이터 파일의 해상도와 정렬 이미지가 아트라스 이미지와 동일해야합니다. 또한 아틀라스는 MNI 표준 공간으로 조정되므로 MNI 템플릿으로 데이터를 표준화하거나 더 나은 방법을 사용해야합니다. 역 정규화 변환을 아틀라스에 적용해야합니다. 여기서 내가 무엇을 말하고 있는지 모른다면 SPM 매뉴얼에서 공간 정규화에 대한 섹션을 읽어야한다. 또 다른 문제는 AAL 협의가 당신을 위해 충분히 세밀하지 않다는 것입니다; 예를 들어, 앞쪽에 오른쪽 insula에 대한 특별한 코드는 없습니다. 그러나 거기에 다른지도 책이 있으며, 그 중 하나가 당신이 필요로하는 것을 제공 할 수도 있습니다.
문제에 대한 접근 방식을 구현하기 시작하면 문제가 계속되는 경우 다른 문제를 게시하고 여기에서 의견을 통해 나를 가리켜주십시오.
함수 spm_regions.m은 ROI를 추출합니다. 사전 처리 된 이미지에서 직접 데이터를 가져옵니다. 그러나 출력을 희미하게하고 필터링하며 관심이없는 회귀 분석기 (예 : 재정렬 매개 변수)와 관련하여 데이터를 조정할 수 있습니다. I discuss this here : 당신은 원시, 필터링되지 않은 데이터를 원하는 경우
그러나, spm_get_data.m
를 사용