PyMOL 용 플러그인을 쓰고 있습니다. 이미 구 (컴파일 된 그래픽 개체)를 그렸습니다. 이제 좌표를 변경해야합니다. 내 cgo 영역에 대해 새 좌표를 설정하려면 어떤 명령을 사용해야합니까? 개체를 만들 때 cmd.load_cgo(data, 'name')을 사용하지만이 개체를 이동하는 방법은 무엇입니까?
PyMol에서 상호 작용 이름을 변경하기위한 루프를 만들고 싶습니다. 그러나 하나의 선택 루프가 끝나면 충돌이 발생하고 작동하지 않습니다. 상호 작용의 기본 이름은 dist01, 02 인 파이 몰에서 def get_dists(interactions): # interactions=([1,2], [3,4])
for i in interactions:
의 순서는이 같은 잔류의 선택을 만들었습니다하기 : fetch 1bsx
select interface_1bsx, byres((1bs and chain A) within 5A of (1bsx and chain X))
어떻게 interface_1bsx의 순서를받을 수 있나요?
원래의 펩티드 서열 (pdb 파일)부터 시작하여 두 잔기 사이의 락탐 다리 (펩타이드 결합)를 만들고 싶습니다. 나는이 유대를 형성하기 위해 PYMOL의 "결합"과 "융합"의 두 가지 기능을 사용했다. "Bond"는 잘 작동하지만 파일을 다시 열면 본드가 더 이상 존재하지 않습니다. "퓨즈"는 보증금을 전혀 표시하지 않습니다. 선택 잔류 파이 몰> 채권 P
pymol의 많은 오브젝트 색상을 파이썬에서 변경하려고합니다. 나는 run myscript.py
을 실행하지만, 파이 몰 인터페이스는 간단하게 색상을 변경해야하고 구조의 색상을 변경하지 않는 명령을 출력 파이 몰에서 루프 obs = ['R8', 'R1X', 'R2X', 'R11']
for i in obs:
print "color gray, %
pymol을 사용하여 pdb 파일에서 단백질 구조를 그려려고합니다. 그러나 아래 스크립트를 실행하려고하면 pymol 창이 열리지 만 검은 색이됩니다. 또한 기괴하게도 pdb 파일은 쉘로 출력됩니다. 여기 내 코드입니다 : bioservices_pdb_obj = PDB()
pdb_file = bioservices_pdb_obj.getFile(results[
패키지를 설치하기 위해 파이썬 인터프리터에서 setuptools를 사용하는 방법이 있습니까? PyMOL을 열면 Python 인터프리터가 실행되므로 PyMOL 디렉토리에서 Python과 sys.path를 사용할 수 없기 때문에 패키지를 설치할 수 있다고 생각했습니다. 너 나에게 조언 해 줄거야?
그래서 PyMOL 스크립트를 사용하여 단백질의 표면 잔기 (http://www.pymolwiki.org/index.php/FindSurfaceResidues)를 찾습니다. PyMOL 세션에서 현재 선택된 단백질의 이름을 포함하는 텍스트 파일을 작성해야합니다. 필자가 조사한 한, 선택한 단백질의 이름을 얻기 위해 PyMOL 명령을 찾을 수 없습니다. PyMO
Centos 6.5에 pymol을 설치하려고합니다. setup.sh를 실행하면 모든 것이 정상적으로 보입니다. 나는 파이 몰을 시작할 때이 오류를 얻을 : /opt/pymol/pymol.exe : 오류로드하는 동안 공유 라이브러리 : libGLU.so.1 : 공유 객체 파일을 열 수 없습니다 : 그런 파일이나 디렉토리 을 도움이 필요하십니까? 내가 알기로
R 패키지 bio3d을 사용하여 단백질의 두 원자 사이에 결합을 그려서 pymol()을 사용하여 PyMOL에 구조를 파싱하고 싶습니다. I 원자 sele.1 및 sele.2 간의 결합/접선/선 그리기하고자 본 예에서는 library(bio3d)
# Import PDB file
pdb <- read.pdb(system.file("examples/1hel