d_ply를 사용하여 여러 사용자 정의 파일 작성

Question

이 질문은 previous question과 거의 같지만 질문에 대한 대답이 여기에서 작동하지 않을만큼 다릅니다. 마지막 질문에서 @chase처럼 데이터 프레임의 각 분할에 대해 여러 파일을 다음 형식 (사용자 정의 fasta)으로 작성하려고합니다.

#same df as last question 

df <- data.frame(
    var1 = sample(1:10, 6, replace = TRUE) 
    , var2 = sample(LETTERS[1:2], 6, replace = TRUE) 
    , theday = c(1,1,2,2,3,3) 
)  

#how I want the data to look 
write(paste(">", df$var1,"_", df$var2, "\n", df$theday, sep=""), file="test.txt") 

#whole df output looks like this: 
#test.txt 
>1_A 
1 
>8_A 
1 
>4_A 
2 
>9_A 
2 
>2_A 
3 
>1_A 
3 

그러나, 대신 전체 dataframe의 출력을 얻는 나는 데이터의 각 부분 집합에 대한 개별 파일을 생성합니다. 다음과 같이 d_ply 사용 :

d_ply(df, .(theday), function(x) write(paste(">", df$var1,"_", df$var2, "\n", df$theday, sep=""), file=paste(x$theday,".fasta",sep=""))) 

나는 다음과 같은 출력 오류 얻을 :이 문제를 해결하는 방법에 대한

Error in file(file, ifelse(append, "a", "w")) : 
    invalid 'description' argument 
In addition: Warning messages: 
1: In if (file == "") file <- stdout() else if (substring(file, 1L, : 
    the condition has length > 1 and only the first element will be used 
2: In if (substring(file, 1L, 1L) == "|") { : 
    the condition has length > 1 and only the first element will be used 

어떤 제안?

덕분에, zachcp

Answer 1

은 당신의 코드에 두 가지 문제가 있었다.

• 첫째, 파일 이름을 구성, 당신은 paste()에 벡터를 x$theday을 통과시켰다. x$theday은 data.frame의 열에서 가져온 것이므로 두 개 이상의 요소가있는 경우가 많습니다. 여러 파일 이름을 file= 인수로 전달한 경우 오류가 write() 번 발생했습니다. 대신 unique(x$theday)을 사용하면 두 개 이상이 아닌 단일 파일 이름 만 붙여 넣을 수 있습니다.

• 둘째, 당신은 그것을 볼 수 충분히하지 않았다,하지만 당신은 아마 x의 내용을합니다 (data.frame의 현재 집합)보다는 각 파일 df의 전체 내용을 쓰고 싶어요.

다음은 수정 된 코드입니다. 정상적으로 작동하는 것 같습니다.

d_ply(df, .(theday), 
    function(x) {write(paste(">", x$var1,"_", x$var2, "\n", x$theday, sep=""), 
         file=paste(unique(x$theday),".fasta",sep="")) 
    })