2012-05-16 6 views
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그래서 전 (전 알루미늄) 맥북 프로 스노우 레오파드를 실행하고 내 직장 네트워크에서 원격 호스트로 SSH를 터미널을 사용하고 있습니다. 터미널에서 물건을 복사하여 붙여 넣을 때 이상한 점이 있습니다.맥 ssh 터미널

I 파일이 같은 grep으로한다 예를 들어

:

samtools view sorted-616.bam | grep 'SOLEXA9:1:1:30:3316:10211' | head -n 1 

그리고

SOLEXA9 제공한다 : 1 : 1 : 30 : 3316 : 10211 69 k26_179705 159 0 * = 159 0 TATGCCGCCAAACGCTTCCGCAAAGCTCTGTGTTTGACTATGTAGCGACTA CBCCCCCC @ CCCCCCCCC @CC CC의 ##########################의 RG :? Z : 1

하지만 지금은 그것을 선택하면 명령 + c를 눌러 복사 한 다음 붙여 넣으려면 + v를 입력하면 다음과 같이 표시됩니다.

SOLEXA9 : 1 : 1 : 30 : 3316 : 1021169k26_1797051590 * = 1590TATGCCGCCAAACGCTTCCGCAAAGCTCTGTGTTTGACTATGTAGCGACTACBCCCCCC @ CCCCCCCCC? @CC? CC################# RG : Z : 1

필드 사이에 공백이 없는지주의하십시오. 정확하게 복사하고 붙여 넣을 수있는 특별한 방법이 있습니까 ?? 왜 터미널이 이런 식으로 행동합니까?

답변

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pbcopy를 사용하면 어떻게됩니까?

samtools view sorted-616.bam | grep 'SOLEXA9:1:1:30:3316:10211' | head -n 1 | pbcopy 

이렇게하면 복사 명령과 동일한 작업을 수행 할 수 있지만 원하는 출력을 선택하지 않아도됩니다.

다른 터미널 에뮬레이터를 사용해 보셨습니까? 나는 iTerm2을 사용하는데, Command-c를 누르지 않아도 클립 보드로 복사 될 것이기 때문이다.

편집 : pbcopy/pbpaste 도구를 사용하려면 Apple의 개발자 도구를 설치해야 할 수 있습니다.

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iTerm2는 훌륭하게 작동합니다. 단지 전환 해 보겠습니다. 제안 해 주셔서 감사합니다! 애플 개발자 도구를 설치하기에는 너무 게으르다. 돈도 지불해야한다. –

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Xcode와 도구는 Apple ID가있는 사람이라면 누구나 무료로 다운로드 할 수 있습니다. Lion (10.7)을 실행중인 경우 Mac App Store에서 Xcode를 설치할 수 있습니다. 명령 행 도구는 에서 구할 수 있습니다. Apple ID는 로그인해야합니다. 아직 가지고 있지 않다면 무료입니다. 동일한 URL에서 Xcode3의 이전 버전을 사용할 수 있습니다. – Mark

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붙여 넣은 텍스트에서 공백이 누락 된 이유는 모르지만 파일에 출력을 쓰고 편집기에서 파일을 열고 표준 공백/줄 바꿈 이외의 다른 파일인지 확인하려고합니다. 문자. 어쨌든 파이핑으로 길을 알고있는 것 같습니다.

samtools view sorted-616.bam | grep 'SOLEXA9:1:1:30:3316:10211' | head -n 1 > file.txt 

호스트가 실행중인 시스템에 따라 다를 수 있습니다. linux/unix 호스트에 ssh 연결을하는 동안 몇 가지 문제가 있었지만 Mac-to-Mac은 정상적으로 작동합니다.

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이것은 터미널에서, 심지어 vim에 복사하여 붙여 넣기 할 때 발생합니다. 불행하게도 저는 파일로 파이프를 연결할 수 있다는 것을 알고 있습니다.하지만 원하는 것은 아닙니다. 50gig 파일에서 grep을 사용하고 명령을 완료하면 한 줄만 입력 할 수 있습니다. 그냥 'head -n 30'이라고하고 vim을 사용하여 몇 줄을 수동으로 복사하십시오. 따라서이 방법이 다소 실용적인 해결 방법을 제공하지만 문제를 해결하지는 못합니다. 하지만 시도 할 때 +1했습니다. :) –