다운 그레이드 R 버전 및 R 패키지 Bioconductor

Question

안녕하세요 여러분, 현재 Bioconductor v2.13이 설치된 데비안 서버에서 R 3.0.2를 실행 중입니다. 인터넷을 통해 검색해도 명확한 답변을 얻을 수는 없지만 간단한 질문입니다.

어떻게하면 R 3.0.2에서 다운 그레이드 할 수 있습니까? R 2-15에?

저는 R 3.0.2를 유지하면서 어떻게 Bioconductor를 v2.12로 다운 그레이드 할 수 있습니까?

는

가

Answer 1

일반적으로, Bioconductor는 R의 특정 버전에서 작동하도록 설계되어, 사전에 감사합니다, 그래서 R.의 최신 버전과 Bioconductor (또는 R 패키지)의 이전 버전을 사용과 관련된 보장은 없다 Bioconductor에서 Bioconductor 패키지에 관한 질문을하는 것이 더 좋습니다. 아마 당신이 말하는 것은 현재의 Bioconductor 설치에 약간의 문제가 있다는 것인데, 정말로 당신이하는 것이 더 나은 것은 문제를 해결하는 것입니다.

installed.packages()의 LibPath를 확인하고 .libPaths()의 출력과 비교하십시오. 가지고있어

> head(installed.packages()[,"LibPath"], 1) 
                affy 
"/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0" 
> .libPaths() 
[1] "/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0" 
[2] "/home/mtmorgan/bin/R-3-0-branch/library" 

좋은 소식! 모든 Bioc 패키지는 특정 라이브러리에 있습니다. 나는 그 때, 예를 들어,

R_LIBS_USER="/home/mtmorgan/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.0-2.12" R 

다음 명시 적으로 내가 사용하고자하는 BiocInstaller 패키지의 버전을 설치, .libPaths이 Bioc 2.12 패키지 등의 새 위치를 가리키는와 R을 시작합니다 ( ?.libPaths 참조) 준비 할 수 평상시와 마찬가지로,

install.packages("BiocInstaller", 
    repos="http://bioconductor.org/packages/2.12/bioc") 

및 library(BiocInstaller); biocLite(). 내 Bioconductor 패키지는 R 홈 디렉토리에 설치된 경우

, 그럼 내가 대신 .libPaths()을 설정하는 remove.packages()을 거라고, 아니면 BiocInstaller::biocValid()를 실행하고 "너무 새로운"패키지를 되 돌리는 지시를 따릅니다 것입니다.