BSgenome 데이터로드시 biostrings 패키지 기능 적용시

BSgenome이 설치된 것처럼 보이지만 라이브러리를로드 할 수 없습니다. 다음 코드는 Biostrings 패키지에 있습니다.BSgenome 데이터로드시 biostrings 패키지 기능 적용시

 > require(BSgenome) 
    > require(Biostrings)  
    > library(BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3) 
    Error in library(BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3) : 
     there is no package called 'BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3' 
    > subject <- Dmelanogaster$chr3R 
    Error: object 'Dmelanogaster' not found 
    > Lpattern <- "AGCTCCGAG" 
    > Rpattern <- "TTGTTCACA" 
    > matchLRPatterns(Lpattern, Rpattern, 500, subject) # 1 match 
    Error in function (classes, fdef, mtable) : 
     unable to find an inherited method for function "matchLRPatterns", for signature "standardGeneric"

감사합니다. 이 컴퓨터가 컴퓨터에서 작동하는지 확인할 수 있습니까? 무엇이 잠재적 인 문제 일 수 있습니다. 로마 Lustrik에

출처

2011-09-17 jon

이 절차를 시도? http://www.bioconductor.org/packages/2.7/data/annotation/html/BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3.html –

Roman Lustrik 덕분에 다음 코드가 작동합니다. source ("http : //www.bioconductor .ORG/biocLite.R ") biocLite ("BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3 ") 라이브러리 (BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3) 될 <- Dmelanogaster $ chr3R Lpattern <-"AGCTCCGAG " Rpattern <- "TTGTTCACA" matchLRPatterns (Lpattern, Rpattern, 500, subject) # 1 match – jon

둘 중 하나가 대답을 게시해야하므로 "대답하지 않은 채로 남지 않습니다. –

덕분에 다음과 같은 코드가 작동합니다

source("bioconductor.org/biocLite.R";) 
biocLite("BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3") 
library(BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3) 
subject <- Dmelanogaster$chr3R 
Lpattern <- "AGCTCCGAG" 
Rpattern <- "TTGTTCACA" 
matchLRPatterns(Lpattern, 
Rpattern, 500, subject) # 1 match

출처

2011-09-18 00:13:30 SHRram

스코어 카운터 아래 왼쪽의 회색 체크 (녹색으로 변함)를 클릭하여 정답으로 표시 할 수 있습니다. –

BSgenome 데이터로드시 biostrings 패키지 기능 적용시

답변

관련 문제