Sun Grid Engine에서 어레이 작업을 시작할 때 소요 된 시간을 어떻게 알 수 있습니까?

Question

Sun Grid Engine에서 어레이 작업을 시작할 때 모든 작업에 소요 된 시간을 나중에 어떻게 얻을 수 있습니까? 나는. 마지막 일이 끝날 때까지 내가 jub을 제출 한 순간부터 얼마나 걸렸는 지 알고 싶습니다. (나는 모든 작업이 함께 소비되어 가지고 얼마나 많은 CPU 시간 알고 싶어하지 않습니다.)

을 내가 같이 제출

qsub -e GE_errors/ -o GE_out/ SGE_execute 

내 SGE-실행 스크립트는 다음과 같습니다

#!/bin/sh 
#$ -t 1-100 
~/bin/intersectBed -c -s -a infile_$SGE_TASK_ID -b template.bed > outfile_$SGE_TASK_ID 

도움을 주시면 감사하겠습니다. 고맙습니다.

Answer 1

간단히 말해서 GE_errors 및 GE_out 디렉토리의 가장 빠른 타임 스탬프와 가장 최근의 타임 스탬프를 보는 것일 수도 있습니다.

SGE의 조수를 ARCo accounting system으로 설정하면 sge_job 및 sge_job_usage 테이블에서 해당 정보를 볼 수 있습니다. 당신의 qsub 명령에 의해 당신에게 반환 작업 번호 부여 예를 들어

, 당신과 같이 고유 ID 및 제출 시간을 얻을 수 있습니다 :

select j.j_id, j.j_submission_time from sge_job j where j.j_job_number = ? 

을 당신은 모두의 최대 완료 시간을 찾을 수의 하위 작업은 이렇게 :

select max(u.ju_end_time) from sge_job_usage u where u.ju_parent = <j_id from up above> 

다음 빼기.

위의 "Sun"Wiki 문서는 완벽하지 않습니다. (왜 내가 오늘 stackoverflow에 왔어. :)