Snakemake 규칙에서 conda 환경을 사용하여 파이썬 모듈을 가져올 수 없습니다.

Question

Snakemake 작업 흐름을 실행하기 위해 Python 3.5로 Conda 환경을 만들었습니다. Snakemake 규칙에서 별도의 Conda 환경을 사용하고 있습니다. 나는 파이썬 2 libs를 사용하여 그것들 중 하나를 실행하고 싶습니다만, 여기에서는 특정 모듈을 가져올 수 없습니다. 이 수입

python2 my_script.py 

그리고 파이썬 스크립트를 포함 :

from zeep import Client 

이

channels: 
    - conda-forge 
dependencies: 
    - zeep 

내 규칙은 python2를 사용하여 파이썬 스크립트를 호출 :

이 내 규칙의 환경입니다 이 오류가 발생하는 워크 플로를 실행합니다.

ImportError: No module named zeep 

이 문제는 python 버전과 관련이 있습니까?

Answer 1

규칙 환경에서 파이썬 버전을 지정하지 않으므로 파이썬 3.5를 기본값으로 선택한다고 가정합니다. 이 같은 환경을 수정하는 경우 :

channels: 
    - conda-forge 
dependencies: 
    - python=2.7.13 
    - zeep 

환경 대신 파이썬 2.7.13를 사용하고, 스크립트가 작동합니다.